Старец Варсонофий обладал чутким пониманием человеческой души, он понимал человека, поговорив с ним совсем немного. Весь свой огромный опыт, накопленный за время пребывания в скиту, он решил передать Николаю — своему ученику, способному принять такой дар и распорядиться им по совести. Учитель и ученик подолгу разговаривали — Варсонофий любил делиться своими воспоминаниями, а кроме того, наставлял своего ученика. Николай не только чувствовал к старцу любовь и уважение, но и полностью передал себя ему в послушание.
Здоровье старца все более ухудшалось, и он часто любил повторять, что мечтает лишь о том, чтобы при последнем вздохе присутствовал Николай. Но Бог распорядился иначе. Старец испустил последний вздох на руках Ивана Беляева, который поехал с духовным отцом и наставником в другой монастырь, куда отца Варсонофия отправили настоятелем. Это было 1 апреля 1913 года. Отец Варсонофий в последние минуты жизни обнял Ивана за шею, пригнул его голову к своей груди и стал шептать о том, что его скоро ждет самая главная встреча и совсем иная жизнь… Вскоре Иван собственноручно закрыл старцу глаза и вернулся с его телом в Оптину пустынь. Николай в это время был тяжело болен и не вставал с постели, ученик не смог присутствовать на похоронах учителя.
В 1915 году свершилось знаменательное событие в жизни Николая — 14 мая он был пострижен в мантию с именем Никон, а уже через одиннадцать месяцев отец Никон был рукоположен в сан иеродиакона. Через полтора года он стал иеромонахом. Рукоположен в иерея Никон через девять дней после революции.
В начале 1918 года декретом СНК РСФСР Оптина пустынь была закрыта. Последний оптинский настоятель архимандрит Исаакий II благословил отца Никона служить в Казанском храме. Это был последний храм, оставленный оптинским инокам. Сюда, несмотря на революционные вихри, по-прежнему устремлялись верующие, стремящиеся получить духовную помощь, совет или утешение. Отцу Никону пришлось взять на себя обязанность духовника и старца. Отец Никон не по годам был мудр и рассудителен, к тому же он обладал даром прозорливости, который прикрывал величайшим смирением. После того как Казанский храм закрыли (в 1923 году), отец Никон переехал в Козельск, где до 1927 года проводил службы в Успенском соборе.
Прихожане устремлялись в Успенский собор, чтобы присутствовать на службе отца Никона, эта популярность не ушла от внимания властей. Отец Никон, обладавший даром прозорливости, предчувствовал свой арест и, когда к нему явились незваные гости, встретил их с невозмутимым видом.
Отцу Никону вынесли приговор — три года с отбыванием в Соловецком лагере. Первое время на Соловках отец Никон работал сторожем, а затем был переведен на Попов остров Карельской республики. Там он работал в канцелярии. Через два года отца Никона выслали в город Архангельск.
Перед самой отправкой в ссылку заключенные проходили медицинский осмотр, в результате которого у отца Никона врачи обнаружили запущенный туберкулез легких. Доктор посоветовал монаху добиваться изменения места ссылки, где климатические условия будут способствовать излечению его заболевания. Отец Никон решил посоветоваться с единственным близким по духу человеком, находящимся здесь в ссылке, монахом отцом Агапитом. Тот предложил полагаться на волю Божию, а самому ничего не предпринимать. После разговора с Агапитом отец Никон покорно произнес: «Воля Божия да совершается».
В июне 1930 года отец Никон и отец Агапит приехали в Архангельск, а через некоторое время Никона перевели в Пинегу — поселок, находящийся в 220 км от Архангельска. Через год здоровье отца Никона стало резко ухудшаться. Отчасти это было связано с тем, что он долго не мог снять квартиру, а когда ему это удалось (в окрестностях Пинеги, в деревне Воепола), попал на поселение к пожилой женщине. Она, быстро смекнув, что послушным монахом можно помыкать, взвалила на него всю тяжелую работу. Не обращая внимания на пошатнувшееся здоровье Никона, она заставляла его в лютый мороз таскать воду из колодца. И отец Никон с высокой температурой и больными ногами возил воду на санках, а кроме того, колол дрова и чистил снег. Когда монах совсем разболелся, хозяйка выгнала его из дома.
Отец Никон, потерявший в один миг кров, понимал, что идти ему некуда. Но почему-то вспоминались слова старца Варсонофия в тот год, когда Никон был еще послушником: «Господи, спаси сего раба Твоего Николая! Буди ему помощник! Защити его, когда он не будет иметь ни крова, ни приюта!..» Пророческими оказались слова старца, потому что Господь действительно не оставил своего избранника. Ссыльный оптинский иеродиакон Петр Драчев перевез отца Никона в деревню Валдокурье на квартиру, которую снимал сам. Отец Петр стал лично ухаживать за Никоном.