Правые, оставившие за собою поле боя с революцией 1905 года в городах и селах Российской империи, увидев новое проявление «темных сил» в революционных атаках на власть в Государственной Думе, пошли противодействовать ей и туда. Этому помогло введение 3 июня нового избирательного закона, по которому была избрана III Государственная Дума.
В это время Н.Е. Марков вел активнейшую борьбу с проявлениями революционного хаоса в Курской губернии. Его влияние там постепенно становилось всеохватным. По его почину были изгнаны из губернского и уездных курских земств все революционеры; курское дворянство вычеркнуло из своих дворянских списков дворян — участников антимонархических партий. Он начал издавать ежедневную газету «Курская быль» (1905—1917), ставшую одним из важнейших звеньев в монархической пропаганде в губернии. Это давало свои положительные результаты — Курская губерния выбрала в III Государственную Думу девять правых монархистов, из одиннадцати депутатов, среди них и Н.Е. Маркова. На момент избрания в III Государственную Думу он имел чин коллежского советника.
В первые же заседания Думы ему пришлось защищать самодержавие от прогрессивных «государствоведов», решивших, что конституционный образ правления уже введен. «Когда нас уверяют, — говорил он с трибуны, — что монарх потерял свою власть только потому, что он доверил нам частицу своей власти, то мы говорим: постойте, это что-то не так. Нам монарх дал действительно часть своей власти, даровал возможность ею пользоваться на благо народу, как суду присяжных, несомненно, даровано монархом право судить и ссылать даже в каторгу. Но разве суд присяжных ограничивает власть монарха?
Поскольку одним из главнейших направлений деятельности Союза русского народа было укрепление монархической власти, то Н.Е. Марков, да и вся правая фракция Государственной Думы, резко выступал против всяких посягательств думцев на прерогативы царской власти и старался пресекать всяческие попытки оскорбления русской государственности и русского имени вообще. Так, во время III Государственной Думы Н.Е. Маркову пришлось даже стреляться с левым членом Думы Пергаментом…
В июле 1908 года Н.Е. Марков был избран в Главный совет Союза русского народа. Это было время, когда правительство уже перестало остро нуждаться в «союзниках» и желало локализировать (как им мыслилось) все политические споры в стенах Государственной Думы…
При всей национальной чуткости главы тогдашнего русского правительства П.Л. Столыпина, в Государственной Думе он опирался не на правых, а на октябристов (в конце своей деятельности на националистов), одновременно ведя политику на раскол правых организаций.
«П.А. Столыпин, — пишет современный исследователь Ю.И. Кирьянов, — заинтересованный в ослаблении влияния правых на Николая II, способствовал расколу СРН, правых сил, к ослаблению их боевитости. С этой целью им были предприняты шаги к превращению правых партий (или но крайней мере их части) из партий “уличного действия” в сугубо парламентские. К этому следует добавить, что именем царя были распущены дружины. Б.Л. Пеликан писал уже в эмиграции, что “правительство разрушило сильную и деятельную единственную организацию (СРН) и, разрушив ее, не сумело организовать другую” (Пеликан Б. Черносотенство // Русский стяг. Белград. 1926,12 сентября (30 августа). № 14. С. 4). В этом высказывании достаточно верно схвачено то, что воссоздать организацию, которая действовала в 1905—1906 годах, позднее, даже в 1916 году, когда правительство испытывало потребность в этом, не удалось» (Правые партии. Т. 1. М., 1998. С. 52).
В том же духе свидетельствовал на допросе Чрезвычайной следственной комиссии (24 июля 1917 года) и сам Н.Е. Марков.
На вопрос: «В чем выражалось неблагоприятное отношение Столыпина?» — он отвечал следующее: «В том, что он всячески, через своих подчиненных, поддерживал рознь в союзе. Зная совокупность политики Столыпина, как к нам относились на местах, как наших союзников преследовали и выгоняли со службы, можно убедиться в том, что по внешности к нам относились хорошо и даже субсидировали, а в сущности нас уничтожали». А на последующий вопрос: «Что это значит, каким путем министр внутренних дел поддерживал рознь между отдельными организациями?» — отвечал, что «способы мне неизвестны, но известно, что мою идею и идею моих ближайших единомышленников всячески расстраивали, а идея была — создание единого монархического органа».