С 1941 года Берия назначается заместителем председателя Совнаркома СССР. В годы войны 1941–1945 годов он был членом Государственного комитета обороны, курировал оборонную промышленность. По его указанию в начале войны были организованы процессы против военачальников, завершившиеся смертными приговорами. Он руководил карательными действиями органов СМЕРШ и заградительных отрядов.[37]
В 1944 году Берия возглавлял операции органов госбезопасности по насильственному переселению — депортации народов Северного Кавказа и Крыма. Он был одним из организаторов массовых расстрелов польских военнопленных в Катыни (1940 г.). С 1944 года Берия курировал все работы и исследования, связанные с созданием атомного оружия, проявил при этом незаурядные организаторские способности.В 1943 году ему было присвоено звание Героя Советского Союза, а в 1945-м он стал Маршалом Советского Союза. С 1946 года — член Политбюро ЦК ВКП(б).
В послевоенные годы органы госбезопасности под руководством Берии еще больше расширили и укрепили свою власть.
После смерти Сталина Берия стал министром внутренних дел и заместителем председателя Совета Министров СССР. Он сосредоточил в своих руках контроль над всеми правоохранительными органами и продолжал наращивать свое влияние. Очевидно, он намеревался стать первым лицом страны.
Будучи прагматиком, Берия отлично понимал необходимость перемен во внутренней и внешней политике. Как считают некоторые исследователи, он готов был отказаться от идеологических крайностей, пойти на некоторые шаги по реформированию тоталитарного режима, склонялся к более реалистическому курсу по отношению к странам Восточной Европы.
Но партийная и государственная верхушка всерьез опасалась за свое будущее в случае захвата Берией власти в стране. Хрущеву удалось организовать против Берии заговор — привлечь на свою сторону членов Политбюро и группу военачальников во главе с заместителем министра обороны маршалом Жуковым.
По признанию Маленкова, вопрос о необходимости устранить Берию возник после заседания Президиума ЦК 12 июня 1953 года, на котором обсуждались его очередные предложения о кардинальных изменениях в экономической политике. Как считают многие историки, инициаторами сговора выступали Маленков и Хрущев. Они провели индивидуальные беседы со всеми членами президиума. В поддержку устранения «лубянского маршала» сразу выступили Молотов, Булганин, Каганович. Чтобы уломать Ворошилова, явно опасавшегося провокации, потребовалось вмешательство Молотова. Вначале не был согласен на полное устранение Берии и Микоян. Он предлагал использовать Берию на хозяйственной работе. Как и Ворошилов, Микоян не усматривал никакого заговора министра внутренних дел.
Верили ли в заговор сами Маленков и Хрущев? Вряд ли. Думается, они просто опасались потеряться на фоне своего куда более энергичного коллеги, прямо-таки пульсировавшего реформаторскими начинаниями, боялись обнаружить свою никчемность. В конце концов двоим руководителям удалось уломать всех членов Президиума ЦК.
26 июня 1953 года Берию пригласили на заседание Президиума ЦК КПСС и там арестовали. Арест произвела группа военных во главе с заместителем министра обороны маршалом Жуковым. До наступления темноты теперь уже бывшего министра внутренних дел продержали в Кремле, а затем перевезли на гауптвахту столичного гарнизона. На следующий день, из опасения, что люди, верные Берии, могут попытаться освободить его, было выбрано новое место содержания — бункер на территории штаба Московского военного округа.
Здесь Берия, добившись бумаги и карандаша, нацарапал письмо «товарищу Маленкову». Оно заслуживает того, чтобы привести его целиком (сохранены стиль и орфография автора):