На службе в политической полиции Баварии Мюллер привлек к себе внимание шефа тайной полиции Гиммлера, который способствовал его переводу в тайную полицию рейха. В 1934 году Мюллер вступил в СС — охранные отряды нацистской партии, а в 1939 году — в НСДАП, в этом же году он стал начальником государственной тайной полиции фашистской Германии — гестапо.
Мюллер был одним из организаторов провокационного «Глейвицкого инцидента», когда 31 августа 1939 года переодетые в польскую военную форму немецкие заключенные-уголовники («консервы») совершили вооруженное нападение на немецкую радиостанцию в приграничном городе Глейвиц (ныне Гливице, Польша).
С радиостанции, якобы захваченной поляками, прозвучало обращение на польском языке, призывающее поляков «объединяться и бить немцев». Все «консервы» были затем убиты, их тела продемонстрировали «на месте преступления» представителям прессы и другим официальным лицам.
А на следующий день немцы начали Вторую мировую войну.
Обергруппенфюрер СС Мюллер пользовался безграничным доверием своего босса — рейхсфюрера СС Гиммлера, а также главы политической полиции Германии Гейдриха, ему поручались организация и исполнение самых «деликатных» мероприятий по безопасности рейха. Мюллер причастен ко всем преступлениям тайной полиции и управления безопасности — преследованию коммунистов и социал-демократов, созданию системы лагерей смерти, тотальной слежке и т. д. Мюллер возглавлял специально созданные комиссии. В частности, комиссию по расследованию обстоятельств так называемого Июльского заговора 1944 года — неудавшейся попытки покушения на Гитлера во время военного совещания 20 июля 1944 года в его ставке «Вольфшанце» («Волчье логово») близ города Растенбурга (ныне Кентшин в Польше). За проведенное расследование и ликвидацию последствий этого заговора Мюллер получил высшую награду рейха — Рыцарский крест.
Мюллер исчез из Берлина в первых числах мая 1945 года (по другой версии — за сутки до самоубийства Гитлера, 29 апреля), и дальнейшая его судьба неизвестна, хотя о ней существует масса легенд, домыслов и слухов. Мюллер до сих пор находится в списке разыскиваемых военных преступников.
Тайна смерти Генриха Мюллера заключается не только в том, что неизвестно, где и когда она наступила, но и в том, наступила ли она вообще. Даже несмотря на то, что в 2008 году этому главному гестаповцу должно было бы исполниться 108 лет.
Мюллера продолжали активно искать вплоть до восьмидесятых годов. Никто с самого начала не верил, что он был убит во время штурма Берлина. А после того как раскопали его могилу на берлинском кладбище Лилиенталь-штрассе и нашли в гробу кости от трех (!) разных людей, стало ясно: шефу гестапо удалось сбежать — скорее всего, вместе с золотым запасом Третьего рейха. Экспедиции по его розыску в джунглях Южной Америки в разное время проводили: охотник за нацистами Шимон Визенталь, автор «Семнадцати мгновений весны» писатель Юлиан Семенов и даже ЦРУ США, закрывшее «Досье № 263» по поискам «старины Мюллера» лишь в декабре 1971 года. Германия же, получив «особые сведения», выдала ордер на его арест в 1973 году. Этот ордер не отменен до сих пор.
В 1961 году бывший капрал медицинской службы СС Пауль Шафер вместе с группой из трехсот немецких «мигрантов» основал примерно в 350 километрах от чилийской столицы Сантьяго колонию «Дигнидад» — «Поселение достойных». В этой группе находился и запомнившийся старожилам колонии скромный пивовар Эрнст Кромбах — он поселился в голубом домике у самого леса.
В 2005 году дочь одного из колонистов, престарелая, но обладающая отличной памятью фрау Хессельринг, узнала Эрнста Кромбаха, своего давнего и многолетнего соседа, на показанной ей фотографии. На этом фото бьш запечатлен шеф гестапо Генрих Мюллер.
По словам фрау Хессельринг, ее сосед был замкнутым человеком, хотя очень вежливым. Любил детей — у него была жена, лет на тридцать помладше, и две дочки. Из своего дома он практически не выходил, разве что на охоту. Специально поселился у леса, говорил, что не особенно любит общество, предпочитая ему природу. Его дочери учились в местной школе. Он был очень хорошим специалистом, варил самое лучшее пиво в деревне.
Уклад жизни у колонистов был своеобразным. На протяжении сорока лет в «Дигнидаде» запрещалось выходить за ворота деревни, а чужих внутрь не пропускали, даже если они были в полицейской форме. У колонии был высокий покровитель — советник тогдашнего президента-диктатора Аугусто Пиночета по безопасности, бывший оберштурмбаннфюрер СС Вальтер Рауфф, в прошлом один из близких друзей Мюллера, также нашедший убежище в Чили. Он часто приезжал к старику Кромбаху — выпить пива: тот варил его по старым баварским рецептам.