Отметим, что и на этот раз, в период стрелецкой смуты, как нередко бывало на Руси, да и в других странах, церковь оказалась в центре политических и социальных столкновений. (Притязания религиозных деятелей на единственно «духовную власть» вольно или невольно переходят в социально-политические сферы, в особенности когда встает вопрос, чью сторону поддерживать – господствующих или угнетенных классов; и хотя Иисус Христос всегда оставался на стороне бедных, униженных, угнетенных, для слишком многих церковных иерархов ближе, родственней и выгоднее были и остаются имущие власть и капиталы.)
В июле 1682 года произошло знаменательное событие. В Москве обрели авторитет раскольники, у которых оставалась поддержка в народе. К тому же Хованский старался использовать их в своих политических целях. Лидеры раскольников обратились к стрельцам с просьбой о защите: «И вы, братие, нас в поругание по-прежнему не дайте, якоже и братию нашу жечь да мучить, но будите готовы обличать их новую веру». Среди стрельцов стала составляться челобитная о восстановлении старой веры и отмене реформы бывшего патриарха Никона.
Москва забурлила. Начались избиения представителей официального духовенства и активных никониан. Раскольники, пользуясь сочувствием и поддержкой многих стрельцов и посадских людей, двинулись к Кремлю, требуя искоренить никонианство. Патриарх Иоаким, по настоянию которого в апреле того же года были сожжены лидеры старообрядчества (протопоп Аввакум, Епифаний и другие), струсил. Он начал оправдываться тем, что-де «новая вера» была заведена до него. Потом прибежал к царевне и начал плакать: «Теперь-де наша конечная погибель пришла, напрасно-де их раздразнили».
Царская семья и двор были уведомлены стрельцами, что если кто-нибудь из них заступится за церковные «новые» власти, то им, пусть даже это будут юные царевичи, «от народа не быть живым». Как видим, смута достигает апогея, когда и церковная и царская власти теряют авторитет.
Софья не растерялась, проявив хитрость и мужество. Она повелела «расколоучителям» явиться на «прения о вере» в Грановитую палату. Там она заняла Царское место и умело вела «прения», показывая выборным стрельцам, что староверы – бунтари, буяны и враги государственного порядка. Выступления затянулись, многие люди стали терять к ним интерес и расходиться по домам.
Под вечер стрельцам был преподнесен от царей-государей подарок: на каждый десяток человек выдали по ушату простого и «поддельного» пива, «такоже и мера мёду». Тотчас собравшиеся стрельцы «и думать перестали» о бунте, «да и побежали всякий десяток со своим ушатом, да перепилися пьяны». Тогда уже пошли другие разговоры, и все обиды на начальство позабылись, а любовь к царям нахлынула такая, что начали колотить раскольников как еретиков и бунтовщиков.
В результате стрельцы принесли затребованную Софьей «повинную» и арестовали лидеров раскольников, которых вскоре казнили. Церковные иерархи были спасены. Так стрельцы лишились опоры на тех, кто был сторонником старой веры. Окончательно капитулировали стрельцы в январе 1683 года. По всей Руси читались царские указы, скрывавшие правду о московской смуте. Она в них была представлена как заговор Хованских. Ее стали называть впоследствии «хованщиной». В 1686 году правительство Софьи добилось крупного успеха во внешней политике: был заключен Вечный мир с Польшей, по которому Левобережная Украина навсегда оставалась с Россией, имея значительную автономию. По существу, Софья была царицей. Царствующие особы величались так: «Великие государи цари и великие князья Иоанн Алексеевич, Петр Алексеевич и великая государыня благоверная царица и великая княжна София Алексеевна, всея Великие и Малые и Белые России самодержцы».
Однако братья взрослели. И хотя власть Софьи укреплялась, наступал черед правления кого-нибудь из них. Петр все более интересовался государственными делами, в чем его поощряла мать Наталья Кирилловна. Он все более ненавидел Софью, тем более что ему нередко шептали о том, будто сестра замышляет против него недоброе.
Софья постоянно присутствовала на придворных церемониях. Петр посещал их редко и неохотно. Получалось так, что перед знатью и народом главной правительницей представала она. Находясь постоянно в тени, Петр сдерживался, не показывая своей растущей неприязни к сестре, проводя время в воинских играх и нередко следовавших за ними грубых увеселениях.
В стране было неспокойно. На дорогах пошаливали разбойники, временами вспыхивали бунты. Был предпринят поход пылко любимого Софьей фаворита князя В.В. Голицина против Крымского ханства в 1687 году, закончившийся бесславным отступлением. Через год поход был повторен. Отдельные отряды крымских татар были разгромлены, но осаждать укрепленный Перекоп Голицин остерегся. Эта неудача осложнила положение Софьи.