В 1865 году Стентон и его судьи хотели объявить ответственной за убийство южную разведку. А через каких-нибудь несколько месяцев президент Э. Джонсон стал намекать на виновность своих врагов — радикальных республиканцев. В речи, произнесенной в феврале 1866 года со ступенек Белого дома, он говорил: «Разве тем, кто стремится уничтожить наши общественные учреждения и изменить характер правления, мало уже пролитой крови? Разве им мало одного мученика?» Таким образом, Джонсон за целых 70 лет до Эйзеншимла выдвинул его теорию. Но сам Эйзеншимл энергично пытался найти достаточно убедительные свидетельства того, что уже современники события намекали на соучастие Стентона в заговоре; отсутствие у них таких подозрений серьезно подрывало веру в «нетрадиционалистскую» концепцию.
Однако оказывается, что Эйзеншимл был не первым, высказывавшим свои подозрения о виновности Стентона. У него был предшественник и, что особенно важно, современник гражданской войны. В 1948 году Эйзеншимлу передали экземпляр еженедельной газеты «Пиплс уикли» за 2 мая 1868 года, десятилетия пролежавший в щели за зеркалом. В этом номере была напечатана статья «Подлинные вдохновители убийства Линкольна», к которым причислялись Э. Стентон, Д. Холт и Л. Бейкер. (Номер за 9 мая, где было напечатано окончание этой статьи, не удалось обнаружить даже Эйзеншимлу и его вездесущим помощникам.) Издатель «Пиплс уикли» Бенджамин Эдвардс Грин был ярым сторонником Юга. Поселившись в Вашингтоне в 1868 году, он, используя конфликт между Э. Джонсоном и радикальными республиканцами, естественно, пытался представить его противников также заклятыми врагами Линкольна, чтобы использовать имя убитого великого президента в партийной борьбе. Его статья, содержащая множество явно фантастических сведений, была орудием политической пропаганды и ставила целью с помощью заведомых фантазий представить Линкольна поборником линии на примирение с побежденными плантаторами и противником «фанатиков и аболиционистов».
Поскольку теория «северного заговора», в котором участвовали Стентон и другие влиятельные лица в Вашингтоне и Нью-Йорке, не получила пока убедительного документального подтверждения и породила к тому же различные мистификации, внимание снова переключилось на гипотезу о южном заговоре, казалось бы, дискредитированной еще в прошлом веке. Бывшие руководители Юга, включая Д. Девиса, были кровно заинтересованы в том, чтобы доказать свою личную и правительства Конфедерации непричастность к убийству Линкольна, совершенного одиночкой-маньяком Бутом, чьи связи с южными властями северное правительство обосновывало лишь показаниями подкупленных лжесвидетелей. Эти утверждения было тем труднее опровергнуть, что большинство действий южных агентов вообще никогда не фиксировалось на бумаге, а большая часть из все же имевшихся документов была уничтожена после разгрома Конфедерации. Тем не менее многое удалось установить историкам в последние годы. В 1988 году был опубликован фундаментальный труд кадровых сотрудников американской разведки А. Тайдуэла и Д. У. Гэдди, написанный в сотрудничестве со специалистом по истории Д. О. Холлом, «Возмездие. Разведка Конфедерации и убийство Линкольна». Они прямо указывают, что их версия заговора совпадает с той, которая была выдвинута еще в 1865 году федеральными властями, не имевшими, однако, достаточно доказательств в ее пользу. Собранный авторами большой и ранее остававшийся неизвестным архивный материал свидетельствует о крайней активизации секретной службы Конфедерации зимой и весной 1865 года. Выявленные факты позволяют с большой долей вероятности считать, что Бут все это время выполнял прямые указания южной разведки. Он неоднократно встречался с южными эмиссарами в США и Канаде, были выделены специальные южные воинские части, которые должны были участвовать в похищении Линкольна и доставить его на территорию Конфедерации. Убийство Линкольна после капитуляции армии генерала Ли вовсе не было актом безумца, а вытекало из обстановки, сложившейся в первой половине апреля. Ведь сдалась только одна, хотя и главная, армия Конфедерации. Паника и хаос, которые должны были возникнуть после убийства президента в Вашингтоне, могли спасти южан от полного поражения. Авторы «Возмездия» ничего не говорят о возможных связях южной разведки с влиятельными кругами на севере, но это еще не значит, что таких связей вообще не существовало.