Пришлось спешно готовить судебный процесс, разумеется (поскольку дело шло об офицере), военный трибунал, заседающий за закрытыми дверями. Была проведена новая экспертиза «бордеро» специалистами, подобранными военным министерством. Но и здесь вышла осечка: лишь двое из них признали руку Дрейфуса, третий отрицал. Вдобавок не удалось найти буквально никаких мотивов для преступления: Дрейфус был богатым человеком и не нуждался в денежных подачках. Капитан не имел долгов, не вел крупной карточной игры, в его поведении не было ничего предосудительного с точки зрения норм, принятых в буржуазных кругах и в офицерском корпусе. (Что это было действительно так, подтвердили все последующие неуклюжие попытки противников Дрейфуса найти доказательства того, будто он враждебно отзывался о Франции, восторгался Германией, кайзером, и тому подобные очевидные злонамеренные выдумки и лжесвидетельства, которые никто всерьез и не пытался принимать.) Немудрено, что обескураженный Пати де Клам 29 октября известил начальство о крайней шаткости доказательств, что может привести к оправданию подсудимого, и предложил отказаться от судебного преследования. Новое следствие в ноябре не прибавило ничего, кроме досужих вымыслов, ничем не подкрепленных догадок, и даже вскрыло неприятное обстоятельство — маловероятно, чтобы Дрейфусу были известны по крайней мере некоторые сведения, упомянутые в «бордеро». Выяснились и другие несообразности, которые возникали, если считать Дрейфуса автором «описи».
Однако Мерсье и другие генералы не собирались отказываться от столь удачно начатого «дела», уже поместив в реакционной печати сведения об аресте «предателя». Вопреки всем правилам Мерсье в интервью, напечатанном 28 ноября в газете «Фигаро», объявил, что он имеет бесспорные доказательства измены Дрейфуса: это трудно было расценить иначе как фактический приказ офицерам — членам военного суда — не колебаться в вынесении обвинительного приговора.
С 19 по 22 декабря проходили закрытые заседания военного трибунала. Не было никаких доказательств. Вызванный в качестве свидетеля майор Анри, несмотря на секретность заседаний военного суда, объявил, что в голове офицера разведки имеются сведения, которые должны оставаться неизвестными даже его фуражке. Мерсье почувствовал, что и на военных судей в таких условиях нельзя полностью положиться. Поэтому 22 декабря, в последний день заседаний трибунала, его членам были неожиданно переданы три документа: два — написанные полковником Шварцкоппеном, третий — итальянским военным атташе Паниццарди (Италия была тогда союзницей Германии). В одном донесении немецкого полковника, точнее, отрывке из него, упоминалось в связи со шпионажем о каком-то «каналье D.» (се canaille de D), в другой депеше — об «одном французском офицере»; в письме Паниццарди Шварцкоппену — о «вашем друге». Все это бездоказательно объявлялось относящимся к Дрейфусу. Грубо нарушая законы, Мерсье приказал, чтобы документы были доведены только до сведения судей. Ни обвиняемый, ни его адвокат не были поставлены в известность об этих дополнительных материалах.
22 декабря военный суд признал Дрейфуса виновным и приговорил к пожизненной каторге. 5 января состоялась публичная сцена разжалования Дрейфуса, во время которой он срывающимся голосом не раз выкрикивал: «Я невиновен! Да здравствует Франция!»
В тот же день (по позднейшим утверждениям реакционной печати) осужденный будто бы сделал неожиданное признание жандармскому капитану Лебрену-Рено, что он передавал маловажные материалы немцам, чтобы выудить у них более ценные сведения. Долгие годы националистические газеты козыряли этим мнимым признанием, хотя от него за версту несло подлогом. Трудно было представить себе что-либо менее правдоподобное, чем такое покаяние, сделанное сразу же после публичного заявления о невиновности! Капитана Лебрена-Рено вызвали к президенту Республики Казимиру Перье. Когда через несколько лет бывшего главу государства спросили об этом свидании, Казимир Перье резко ответил: «Он лгал». Возможно, дело обстояло иначе. Судя по всему, Лебрен-Рено не просто лгал, а исказил (или неправильно понял) слова Дрейфуса, рассказывавшего о предложении, сделанном ему от имени Мерсье Пати де Кламом и имевшем целью добиться признания осужденным своей вины. Свидетельство Сандерра об этом было опубликовано в газете «Фигаро» 31 июля 1899 года, но даже ныне реакционные авторы повторяют выдумки Лебрена-Рено (и подкрепляют их заявлениями других лиц, которых уже не было в живых, когда всплыли на свет «их» показания).
18 февраля Дрейфус был отправлен на Чертов остров, около берегов Кайенны, где нездоровый климат и тяжелые условия каторги должны были, по расчетам Мерсье и его коллег, в более или менее скором будущем избавить военное министерство от нежелательного человека. Некоторое время казалось, что генеральный штаб одержал в «деле Дрейфуса» полную победу.