«Кведаг мерчэнт» не мог двигаться дальше без серьезного ремонта. Кидд оставил его у восточных берегов Сан-Доминго в надежных руках, купил небольшой шлюп «Святой Антоний» и прибыл на нем в Нью-Йорк. Через посредство своего адвоката Кидд уведомил членов синдиката, что готов передать захваченные им 30 тыс. ф. ст. Это составляло 500 % прибыли на вложенный им капитал. Взамен Кидд просил лишь справедливого отношения. Он получил от губернатора Беллемонта обнадеживающий ответ.
На острове Гардинер, неподалеку от Лонг-Айленда, Кидд зарыл два мешка с ценными вещами и сундук с каким-то количеством золота и серебра. Он указал владельцу острова место, где были закопаны мешки и сундук. 28 июня 1699 года шлюп Кидда прибыл в Бостон. Кидд оказался в руках Беллемонта. Никто из близких и знакомых капитана не сообщил ему, что в Англии за время его отсутствия произошли важные перемены. Возможно, провинциалам, жившим в далекой колониальной глуши, ничего не было известно о борьбе партий и придворных интригах в столице.
Члены синдиката, принадлежавшие к партии вигов, стали подвергаться все более сильным нападкам со стороны своих противников — тори — за содействие «пирату» Кидду. Тори жадно ловили слухи, которые могли скомпрометировать Кидда: он бежал от английских военных судов, обещав ранее предоставить им матросов; он отказывался салютовать британскому флагу; он подбирался к богатым торговым кораблям, но был отогнан военными судами. Раздавались требования полного парламентского расследования.
Ост-Индская компания поспешила подать петицию о том, чтобы у Кидда отобрали «украденные» им сокровища Великого Могола. Министры Вильгельма III решили, что в таких условиях удобнее всего пожертвовать Киддом, превратив его в козла отпущения. Он был признан пиратом, для поимки его направили военные корабли. Было объявлено об амнистии всем матросам Кидда, кроме него самого, в надежде, что они станут свидетелями обвинения против своего командира.
Беллемонт потребовал от капитана подробный дневник путешествия, а так как Кидд не успел составить объяснение в представленный ему жесткий срок, губернатор приказал арестовать моряка. При этом был распространен слух, что иначе Кидд мог скрыться от правосудия. Тюремный режим изо дня в день становился все более суровым. Кидду запретили свидания с женой, заковали в кандалы, вделанные в стену его камеры. Кидд покинул тюрьму только через полгода, чтобы под конвоем перейти на военный корабль «Эдвайз» для отправки в Лондон. Парламент находился накануне роспуска. Тори добились принятия специальной резолюции, запрещавшей проведение суда над Киддом до созыва нового парламента. Они боялись, что во время перерыва в заседаниях парламента министры-виги организуют поспешный суд над Киддом и сумеют спрятать концы в воду.
В апреле 1701 года новый парламент принял резолюцию о предании Кидда суду, который начался 8 мая. Этот суд был скорым и неправым. В центре внимания стоял вопрос: были ли обнаружены французские паспорта на «Кведаг мерчэнт»? Иначе говоря, принадлежал ли захваченный груз подданным вражеской страны? Прокурор доказывал, что существование паспортов — вымысел. Правда, многие свидетели обвинения не отрицали, что им приходилось слышать об этих паспортах. Некоторые моряки даже видели какие-то бумаги, которые, как объяснил Кидд неграмотным матросам, были французскими паспортами. Однако приговор был предрешен.
До последней минуты Кидд отказывался раскаяться и признать себя пиратом. 23 мая состоялась казнь. В первый раз веревка оборвалась под тяжестью тела осужденного, и он, шатаясь, поднялся на ноги. К Кидду поспешил священник Лоррен, который помог ему снова встать под виселицей. «Я обратил его внимание, — писал позднее Лоррен, — на великую милость Господню, давшую ему неожиданно дополнительную отсрочку, чтобы он мог воспользоваться этими немногими, подаренными ему милостиво минутами, дабы укрепиться в вере и раскаянии… и он раскаялся от всего сердца».
…А через два столетия американский историк Р. Д. Пейн, работая в Английском государственном архиве, нашел французские паспорта, о которых говорил Кидд. Теперь известно, что эти паспорта были посланы Беллемонтом в Лондон и направлены комиссии палаты общин, расследовавшей дело Кидда. Она, в свою очередь, передала их адмиралтейству, чтобы представить в распоряжение Кидда для защиты на суде. Однако адмиралтейство скрыло паспорта, а члены парламентской комиссии не стали настаивать: почтенные джентльмены отлично понимали, что спасать Кидда не в интересах их партии.
Конечно, дело было не только в одних французских паспортах. Некоторые поступки Кидда во время его крейсирования в Индийском океане так и остались необъясненными.