Однако вскоре тайваньцы захватили большую часть острова. Первоначальное выступление было спонтанным, но в течение нескольких дней им удалось организовать и скоординировать свою деятельность. Общественный порядок поддерживали временные силы, организованные студентами. Местные лидеры сформировали Комитет по урегулированию и представили правительству 32 требования к местной административной реформе. Они требовали большей автономии, свободных выборов, сдачи оружия армией, обуздания коррупции. Кроме того, поскольку переход Тайваня под юрисдикцию Китайской Республики не был официально оформлен международным правом, было рассмотрено решение попросить Организацию Объединенных Наций дать острову международный мандат. Под прикрытием переговоров чанкайшисты собрали большую армию в провинции Фуцзянь и начали наступление. Произошло это 8 марта, а уже в конце марта губернатор Чэнь И арестовал или уничтожил всех ключевых организаторов восстания. Его люди казнили до 4000 человек по всему острову.
Жертвы или пособники японцев, тайваньцы с некоторым недоверием относились к приходу администрации Гоминьдана осенью 1945 года. Стремление преследовать в судебном порядке «предателей» вызвало недовольство местной знати, а неуклюжая политика китаизации, проводимая губернатором Чэнь И, в конечном итоге привела в феврале 1947 года к восстанию, которое потрясло власть. После того, как это было воспринято японским руководством как нечто слишком «китайское», население острова нацелилось на верность бывшим хозяевам.
В это время на континенте была разгромлена Маньчжурская группировка армии Гоминьдана. После этой операции армия «красных» по численности уже превзошла армию Гоминьдана (3 млн человек против 2,9 млн человек). Коммунистические войска были сведены в четыре фронта: 1-я полевая армия под командованием Пэн Дэхуая (Северно-Западный Китай), 2-я полевая армия под командованием Лю Бочэна (Центральный Китай), 3-я полевая армия под командованием Чэнь И (Восточный Китай) и 4-я полевая армия под командованием Линь Бяо (Северно-Восточный Китай).
В январе – апреле 1948 года Чэнь И руководил Шаньдунской операцией, командуя соединением из 6 корпусов. 1 апреля его корпуса ворвались в порт Вэйхай, после чего Чэнь И развернул фронт наступления на запад и за две недели освободил все порты Шаньдуна, кроме порта Яньтай, в котором стоял полк морской пехоты США и два эсминца, а также основной базы ВМС США Циндао.
В ходе общего наступления «красные» 19 июня ворвались в город Кайфын и окружили 15-ю и 16-ю армии Гоминьдана, принудив их к капитуляции. А с 7 ноября 1948 года по 10 января 1949 года произошла Хуайхайская битва в Восточном Китае (между рекой Хуайхэ и Желтым морем), 2-я и 3-я полевые армии уничтожили крупнейшую группировку противника под командованием Ду Юймина, состоявшую из 56 дивизий. Это была стратегическая решающая битва против войск Гоминьдана, а также одно из «великих сражений», имевших решающее значение для хода гражданской войны в Китае. После нее войска «красных» на широком фронте вышли к реке Янцзы на ближние подступы к гоминьдановской столице Нанкину. Гоминьдановский центр управления страной оказался под непосредственной угрозой захвата армией коммунистов.
В январе 1949 года генерал Фу Цзои, защищавший Бэйпин (так с 1927 года назывался Пекин), вместе со своими 25 дивизиями перешел на сторону КПК. В апреле история повторилась – часть войск, оборонявших Янцзы, снялась с позиций и позволила коммунистам форсировать реку. Естественно, командиры этих войск были щедро вознаграждены главой разведки «красных» Дэн Сяопином.
2, 3 и 4-я полевые армии форсировали Янцзы и продолжили наступление на юг. 23 апреля «красные» овладели Нанкином и вскоре вышли на ближние подступы к Шанхаю. Чан Кайши поклялся превратить Шанхай во «второй Сталинград», но 25 мая город капитулировал, и Чэнь И со своим штабом вступил в него, став начальником шанхайского гарнизона и получив полную власть в регионе.