Её практически сразу же задержали, но тяжёлые испытания выпали на её долю ещё до суда, по дороге в тюрьму: при аресте казак оглушил Спиридонову ударом приклада, разбив в кровь её лицо. В вагоне её обыскивали и допрашивали казачий офицер Абрамов и помощник пристава Жданов. Раздетую, страшно ругаясь, они били её нагайками и приговаривали: "Ну, барышня, скажи зажигательную речь!" Один глаз ничего не видел, правая часть лица была страшно разбита. Они нажимали на неё и ехидно спрашивали: "Больно, дорогая? Ну скажи, кто твои товарищи?" В конце концов они над ней надругались.
И страшно поплатились за это: 2 апреля эсеры застрелили Абрамова, а 9 мая и Жданова. Саму же Спиридонову военный суд приговорил к смертной казни, которую позже заменили бессрочной каторгой в Акатуе, из которой её вызволила только Февральская революция 1917 года.
И вот теперь решительность Спиридоновой проявилась вновь в вопросе защиты крестьянства от комбедов. И единственным выходом, как казалось эсерам, из создавшейся ситуации, т.е. избавить деревню от комбедов, — это возобновление войны с Германией. 24 июня ЦК левых эсеров решил разорвать мир путём покушений на "виднейших представителей германского империализма". "Осуществление террора, — говорилось далее в постановлении ЦК, — должно произойти по сигналу из Москвы. Сигналом таким может быть и террористический акт, хотя это может быть заменено другой формой. Для учёта и распределения всех партийных сил при проведении этих планов в жизнь партия организует Бюро из трёх лиц — Спиридоновой, Голубовского, Майорова... Мы рассматриваем свои действия как борьбу против настоящей политики Совета Народных Комиссаров и ни в коем случае как борьбу против большевиков. Однако, ввиду того, что со стороны последних возможны агрессивные действия против нашей партии, постановлено в таком случае прибегнуть к вооружённой обороне занятых позиций".
В России таким представителем, естественно, был германский посол, граф Вильгельм Мирбах, а в Киеве — генерал-фельдмаршал фон Эйхгорн, которого 31 июля убил левый эсер Борис Донской. Спиридонова подчинилась решению ЦК и начала борьбу против заключённого мира, который она поначалу поддерживала. Из нескольких кандидатур выбрали две — восемнадцатилетнего Якова Блюмкина и его товарища Николая Андреева. За них сыграло то обстоятельство, что они служили во Всероссийской Чрезвычайной комиссии и мандаты Чека могли помочь им легально войти в помещение германского посольства. К тому же, заместителем председателя Чека служил член ЦК партии левых социалистов-революционеров В. Александрович. Именно он и должен был подделать документы. 4 июля Блюмкина вызвали в ЦК партии и сообщили о возложенной на него миссии. Блюмкин с готовностью согласился быть исполнителем этого решения.
Трагикомичность ситуации состояла в том, что Вячеслав Александрович ставил печать и подделывал подпись Дзержинского на документе в кабинете самого "железного" Феликса, который в этот момент ... мирно спал в своём кабинете за ширмой. Именно это впоследствии больше всего и угнетало Дзержинского, настоящего фанатика революции, человека убеждённого в правоте того дела, которому он служит (то есть, революции), и идейного. Это, в частности, отмечали многие его современники, хорошо его знавшие. Так, бежавший на Запад в тридцатые годы секретарь Сталина Борис Бажанов оставил такой портрет Феликса Дзержинского: "У него была наружность Дон Кихота, манера говорить человека убеждённого и идейного. Поразила меня его старая гимнастёрка с заплатанными локтями. Было совершенно ясно, что этот человек не пользуется своим положением, чтобы искать каких-либо житейских благ для себя лично".
Удостоверение, выданное Блюмкину, гласило: "Всероссийская Чрезвычайная комиссия уполномочивает её члена Якова Блюмкина и представителя Революционного трибунала Николая Андреева войти в переговоры с господином германским послом в Российской республике по поводу дела, имеющего непосредственное отношение к господину послу".
6 июля 1918 года около двух часов дня два чекиста, Яков Блюмкин и Николай Андреев, на автомобиле подъехали к германского посольству. Их встретили первый советник посольства доктор Рицлер и адъютант военного атташе посольства лейтенант Мюллер. Визитёры предъявили свой мандат и заявили, что им необходимо срочно встретиться с графом Мирбахом. Через несколько минут посол Германской империи спустился к ним в приёмную. Началась беседа. В какой-то момент Андреев сказал условную фразу:
— По-видимому, господину послу угодно будет знать меры, которые могут быть приняты по этому делу.
— Это я Вам сейчас покажу! — тут же воскликнул Блюмкин, вскочил со стула, выхватил из портфеля револьвер и выстрелил в посла, но промахнулся.