С приездом Тухачевского тамбовское командование было переподчинено непосредственно центру. И, таким образом, любое распоряжение командующего тут же выливалось в определённые действия, и вся информация о борьбе с партизанами моментально становилась известной в Москве. Раньше же информирование шло по четырём каналам, которые затем перепроверялись и сводились воедино несколькими людьми. Во главе командования была поставлена полномочная комиссия ВЦИК, в состав которой вошли член ВЦИК Антонов-Овсеенко (председатель), командующий войсками Тухачевский (заместитель председателя), председатель Тамбовского губисполкома и секретарь губкома РКП. Руководить Тамбовской чрезвычайной комиссией прибыл из Москвы полномочный представитель ВЧК, непосредственно контактировавший и с Антоновым-Овсеенко, и с Тухачевским.
Изначально Тухачевским и Антоновым-Овсеенко было установлено, что борьбу необходимо вести одновременно в двух направлениях: уничтожение живой силы мятежников и создание перелома в среде, питавшей мятеж. Войска разделили на группы, районы на участки и началось уничтожение живой силы. Одновременно брались в заложники члены семей и сочувствующие партизанам и полностью конфисковывалось их имущество.
На местах создавались участковые политические комиссии в составе начальника боевого участка, начальника Политотдела, начальника Особого отделения, председателя уездного исполкома, секретаря уездного комитета РКП и председателя Ревтрибунала. При каждом боевом участке создавались военные посевные комитеты. Из войсковых частей, которых к этому времени было уже вполне достаточно, создавались летучие колонны, которые должны были действовать совместно с оккупационными отрядами, находившимися на местах. Впрочем, не всё и не всегда получалось так, как задумывалось, ибо антоновцы, подобно волкам из волчьей стаи, могли распыляться не только на мелкие группы, но и по одному, а затем, уйдя от преследования, снова воссоединялись и становились прежней боеспособной единицей.
12 мая 1921 года новым командованием был издан следующий приказ: