Юстиниан провозгласил христианство единственной законной религией Римской империи. Он установил подчинённое положение Церкви по отношению к императору. В 529 году он закрыл неоплатонические академии в Афинах{5}
. Юстиниан отстроил Константинополь, развив грандиозную архитектурную деятельность и создав византийский художественный стиль, представлявший собой творческое сочетание римского, греческого, восточного и христианского стилей. Собор Святой Софии до сих пор является величайшим достижением византийской архитектуры.С другой стороны, пылкое стремление Юстиниана к воссоединению Римской империи существенно ослабило империю Византийскую. Его войска вторглись в Италию, находившуюся под властью остготов, формально считавшихся наместниками императора. Походы Юстиниана принесли Италии неисчислимые бедствия, так как остготы храбро оборонялись, и война затянулась на целых три десятка лет. Чтобы привлечь на свою сторону папу, Юстиниан начал гонения на египетских и сирийских христиан-монофизитов. Эти преследования настолько отдалили монофизитов от Константинополя, что через несколько десятилетий, когда на их земли пришли мусульманские завоеватели, их встретили с радостью как меньшее из двух зол.
По мнению монофизитов, у Христа была лишь одна природа — божественная, несмотря на то что он воплотился и прошёл весь человеческий путь рождения, страданий и смерти. Эти представления были диаметрально противоположны несторианской ереси, которая была официально осуждена на Эфесском соборе в 431 году. Несторианцы считали, что в Иисусе Христе на самом деле жило два существа — Бог и человек. По римской католической доктрине, провозглашенной на Халкидонском соборе в 451 году, у Христа было две природы — божественная и человеческая. Таким образом, два крайних воззрения на личность Христа были объявлены еретическими, а срединная между ними позиция получила признание в качестве официального вероучения. Отрицание человеческой природы Христа станет одной из отличительных черт средневековой катарской ереси.
Во второй половине VI века началась персидская военная экспансия, принёсшая пламя войны на территорию Восточной Римской империи. Начало VII века ознаменовалось нападениями северных племён, аваров и славян, воспользовавшихся тем, что внимание императора было приковано к войне с персами. В 614 году персидский шах Хосров II объявил войну Византии и христианству. Персидская армия разграбила Иерусалим и перебила около 90 тысяч христиан. Персы предали огню церковь Святого Гроба Господня и увезли в Персию святую реликвию, часть креста, на котором был распят Спаситель. Тем самым Персидская держава, быстро возвращавшая себе былую славу и могущество, спустя тысячу лет отомстила за завоевания Александра Великого. Византийский император Ираклий сумел перегруппировать свои силы и нанести поражение Хосрову в 628 году. Сын Хосрова заключил мир с Ираклием, вернув Византии Египет, Палестину, Сирию, Малую Азию и западную Месопотамию, а также и часть святого креста. Ираклий восстановил церковь Святого Гроба Господня. Позднее он разгромил авар.
Ослабленные постоянными войнами, ни персы, ни византийцы оказались неготовыми к появлению в 622 году пророка Мухаммеда и ислама, религии Корана, насаждаемой мечом. Ярость мусульманских воинов в битве уступала лишь их настойчивому и единственному желанию — обрести славу перед лицом Аллаха. К 640 году Восточная Римская империя потеряла Сирию, Египет и Северную Африку. Гонения на иудеев, предпринятые Ираклием, оттолкнули от Византии многих жителей Александрии, Антиохии и других средиземноморских городов, перенёсших свои симпатии на отличавшихся большей веротерпимостью мусульманских завоевателей. Мусульмане предпринимали попытки взять Константинополь в 673–678 и 717 годах, но оба раза были отбиты. Константинополь выстоял и против третьего нападения в 960 году. (Предвосхищая одну из самых важных психорелигиозных черт крестовых походов, византийский император Никифор безуспешно побуждал патриарха Полиевкта обещать славу мучеников всем христианским солдатам, которые погибнут в войне с мусульманами.)
С VI веком на Западную Европу опустились Тёмные века. В то время как Византийская империя в целом пользовалась относительным благополучием, несмотря на территориальные потери, Западной Европе после смерти Юстиниана предстояли шесть столетий хаоса, войн, культурного упадка, суеверий, невежества и нищеты. Большая часть Западной Европы, включая Италию, Галлию (современную Францию) и Испанию, пала жертвой варварских племён, которые ранее захватили Рим. Чума и голод опустошили огромные пространства. К 550 году Рим, который когда-то насчитывал миллион жителей, населяло сорок тысяч человек, половина из которых жила на папскую милостыню.