Однако в ретроспективе искусное интеллектуальное построение Туси и возвращение к духовной чистоте низаритских верований представляется несколько запоздалым. Ибо, согласно персидскому историку Джувейни, ненавидевшему ассассинов, Мухаммед III был чудовищем, личные слабости которого отражали ослабление аламутской общины. Джувейни утверждает, что в юности Мухаммед повредил себе мозг из-за ошибки врача, выпустившего ему слишком много крови во время совершенно не требовавшей этого болезни. Какова бы ни была причина, Мухаммед, возможно, был душевнобольным, если не безумным. По мере взросления его поведение всё больше напоминало поведение сумасшедшего. Он превратился в жестокого, деспотичного и непредсказуемого садиста и к тому же много пил. История низаритского государства близилась к концу.
Впрочем, последние десятилетия политической независимости Аламута ознаменовались определённым подъёмом. Сближение Хасана III с мусульманским обществом расширило низаритский политический кругозор. На некоторое время в Аламут вернулись мечты о всемирном господстве. Узкоместные распри сменились крупномасштабной дипломатической деятельностью, благодаря которой низариты завязали контакты с такими отдалёнными странами, как Монголия и европейские государства, одновременно прочно обосновавшись в Индии. Дань за личную безопасность поступала от государей Германии, Арагона и Йемена.
Что касается суннитов, то тяга к роскоши, заимствованная у Аббасидов, начала сказываться на сельджуках, хорезмийцах и Гуридах, лишая их былой суровости и энергичности. По привычной исторической схеме вакуум, образовавшийся из-за ослабления политической воли самоуспокоившихся правителей, заполнили очередные кочевые племена из Северо-Западной Азии. В XIII веке под началом Чингис-хана монголы — потомки гуннов, 800 лет назад хлынувших на территорию погрязшей в роскоши и распутстве Римской империи, — начали завоевание Центральной Азии. В 1219 году, раздражённый оскорблениями от хорезмшаха, Чингис-хан напал на Хорезм. В 1221 году, то есть в тот же год, когда Мухаммед III сел на имамский престол, Хорезм пал к ногам монгольской армии.
Монголы представляли собой серьёзную угрозу. Хотя между ассассинами и монголами в результате дипломатических усилий Хасана III был заключён мирный договор, близился неизбежный конфликт между двумя антагонистами. Широкий размах низаритских устремлений и честолюбивых замыслов должен был привести их к прямому столкновению со сходными планами монголов. Мухаммед III унаследовал от отца разветвлённую систему политических союзов, но все они разрывались вследствие быстрой смены политической обстановки, вызванной продвижением монголов. Когда монголы обратили свои взоры на Персию, исмаилиты вновь, как когда-то раньше, оказались практически в полной изоляции.
Монгольские войска, возглавляемые Чингис-ханом, впервые подступили к берегам Яксарта (ныне Сыр-Дарья) в 1218 году. В 1238 году ассассины отправили послов во Францию и Англию, соединившими свои усилия с посланниками Аббасидского халифа в попытке убедить христианских государей Людовика IX Французского и Генриха III Английского выступить против монголов. К несчастью, именно в этот момент европейские короли искали союза с монголами против мусульман. К 1240 году монголы дошли до Западного Ирана и собирались двинуться на Грузию, Армению и Северную Месопотамию. В 1248 году исмаилитское посольство, прибывшее на монгольский курултай, было отправлено обратно без ответа.
В 1252 году ханом монголов в Каракоруме был избран Менгу, внук Чингис-хана. Он немедленно приказал своему младшему брату Хулагу идти в поход на низаритов и полностью уничтожить их государство. В 1254 году Менгу принял францисканца Вильгельма Рубрука, посла Людовика IX. Людовик хотел заручиться поддержкой монголов в Седьмом крестовом походе. Вильгельм узнал, что Великий хан боится за свою жизнь, так как ему стало известно, что против него послано около 40 ассассинов под разными обличьями, которые должны были отомстить за поход на Аламут. Хотя Хулагу прибыл в Иран только в 1256 году, его авангард уже расчищал ему путь через исмаилитские земли. Монголы напали на кухистанских низаритов, затем двинулись на Гирдкух и отправили отряды опустошать долину Рудбара. А меж тем неумолимо продолжал приближаться и сам Хулагу с основной армией.