Император Петр III не только вызволил политического беженца из зарубежной ссылки, но и своим именным указом назначил Иван Ивановича Бецкого главным директором «Канцелярии строений и домов». После государственного переворота 28 июня 1762 года и восшествия на престол Екатерины II Иван Иванович вновь становится приближенным ко двору. Столь быстрый и высокий карьерный рост Бецкого стал тогда поводом для появления в высших аристократических кругах столицы самых невероятных слухов и предположений, многие отмечали разительное внешнее сходство Бецкого с Екатериной Алексеевной. В Петербурге и на аристократических раутах поползли сплетни об истинном отце новой императрицы, которая своим указом 3 марта 1763 года назначила действительного тайного советника И.И. Бецкого управляющим Академией художеств. Однако Бецкой в отличие от фаворитов императрицы не воспользовался ее доброжелательным отношением к своей персоне. Не встревал в государственные дела и политические проблемы, а занимался важными социальными делами, проблемами совершенствования образования и воспитания молодежи, совмещая эту ответственную деятельность с работой руководителя «Канцелярии от строений, домов и садов».
По распоряжению Екатерины II Бецкой в 1768 году назначается главным руководителем работ по перестройке и отделке Зимнего дворца. В том же году, 15 мая, императрица «изустно повелела» И.И. Бецкому: «На площади, между Невой, Адмиралтейством и домом Правительствующего сената, во славу блаженные памяти императора Петра Великого поставить монумент».
Идея о постановке памятника Петру I у императрицы зародилась еще в 1765 году, когда она приказала русскому посланнику в Париже князю Голицыну найти опытного и талантливого ваятеля. Князь выбрал французского скульптора Этьена Мориса Фальконе, создавшего в 1766–1778 годах памятник Петру I («Медный всадник»).
И.И. Бецкой руководил этой работой от периода изыскания годного для постамента камня в Лахте, доставки его по воде в столицу, отливки бронзового монумента и до церемониала его открытия на столичной площади 7 августа 1782 года.
Ему также пришлось руководить работами по отделке набережных Невы и столичных каналов гранитом, по установке уникальной решетки Летнего сада.
Руководя столичной Академий художеств, он открывает при ней воспитательное училище. По инициативе И.И. Бецкого в 1764 году указом Екатерины II в Петербурге создается первое в России специальное женское учебное заведение (Императорское Воспитательное общество благородных девиц – Смольный институт), в нем запрещались телесные наказания.
В это закрытое учебное заведение – пансион принимались девочки из семей потомственных дворян с пятилетнего возраста. Их обучали и воспитывали, готовя к будущей светской и семейной жизни. Ежегодный прием в институт воспитанниц не превышал тогда тридцати человек. Девочки распределялись на четыре возрастные группы, каждая из которых при этом имела определенный цвет форменного платья: младшая – кофейный, следующая – голубой, далее – серый и старшая – белый. Каждая возрастная подгруппа обучалась в течение трех лет.
В программу обучения девочек в возрасте от 5 до 9 лет входили: Закон Божий, арифметика, рисование, танцы, русский, французский, немецкий и итальянский языки.
Вторая группа воспитанниц, в возрасте от 9 до 12 лет, кроме перечисленных предметов изучала историю, географию и практическое домоводство. После достижения двенадцатилетнего возраста и до пятнадцати лет смолянки овладевали основами физики, архитектуры, словесности, отечественной и зарубежной истории.
Выпускная группа девочек завершала обучение домоводства, счетоводства, вопросов домашней экономии и рукоделия. По настоянию учредителя Смольного института И.И. Бецкого особое внимание уделялось физическому развитию воспитанниц. Смолянкам надлежало много времени проводить на свежем воздухе, играть в подвижные игры и обязательно закаляться. Во внутренних помещениях этого учебного заведения поддерживалась умеренная температура воздуха, а по утрам девочки умывались водой, в которой плавали кусочки льда. Из рациона смолянок исключались острые и пряные блюда.
Одобряя деятельность Бецкого, Екатерина II навещала смолянок, девочки радовались каждому визиту императрицы. А.П. Сумароков тогда писал:
Бецкой организовал в Смольном институте театр, в котором силами воспитанниц ставились прекрасные спектакли, оперы и балеты. Наиболее одаренные девочки даже участвовали в балетных спектаклях Эрмитажного театра.