Любопытно отметить, что с началом Первой мировой войны тюрьму в Новой Голландии закрыли после оригинального приказа императора Николая II, посчитавшего, что все осужденные по суду матросы должны отбывать свой срок только после победоносного завершения войны. Морское министерство тогда отдало распоряжение об отправке осужденных матросов на фронт, в действующую армию, чтобы в героических сражениях они добывали себе прощение и досрочную амнистию. Тюремное здание на некоторое время опустело, чтобы в 1915 году вновь открыть камеры для военнопленных немецких моряков и морских летчиков. В 1917 году, после Октябрьского переворота, в тюрьме размещались конторы учреждений Военно-морского порта, а затем – Ленинградской военно-морской базы. В период Великой Отечественной войны и после ее победоносного завершения в здании бывшей Круглой тюрьмы Новой Голландии располагались службы управления тыла Краснознаменного Балтийского флота, руководство которого, вероятно для солидности, установило у входа в управление двух позолоченных львов. Оказалось, что их доставили в Новую Голландию и установили у входных дверей бывшей тюрьмы по личному распоряжению начальника тыла Краснознаменного Балтийского флота генерал-лейтенанта А. Н. Лебедева. В один прекрасный день на Выборгскую сторону к знаменитой даче графа Кушелева-Безбородко подкатила военная полуторка с нарядом матросов, которые лихо отделили от знаменитой львиной шеренги двух зверей, погрузили их в кузов грузовика и доставили в Новую Голландию. Львов покрасили «золотой» краской под бронзу и «поручили им охранять» главный вход в здание тыла Ленинградской военно-морской базы. Похищенные из оригинальной львиной ограды дачи графа Кушелева-Безбородко на правом берегу Невы два чугунных льва находились у главных дверей базы тыла флота вплоть до начала 1990-х годов.
В 1840-х годах вблизи тюрьмы на набережной реки Мойки построили сохранившийся до наших дней трехэтажный дом коменданта Новой Голландии, а при слиянии Адмиралтейского и Крюкова каналов возвели новый кирпичный корпус для дополнительного склада. В 1842 году набережная засыпанной части Крюкова канала, неподалеку от Невы, постепенно стала превращаться в новую площадь Северной столицы – Благовещенскую. В этот же период российской истории Новая Голландия продолжала оставаться структурной частью Нового Адмиралтейства, о чем свидетельствуют находящиеся в архивах чертежи генеральных планов.
Следует заметить, что в процессе работы над проектами монументальных арок Новой Голландии зодчие Чевакинский и Валлен-Деламот все же предусмотрели аналогичный величественный портал и со стороны Крюкова канала. К сожалению, ни в те годы, ни позднее вторая монументальная арка со стороны протоки, соединяющей Крюков канал с внутренним бассейном острова, так и не была возведена. Корпус новой Голландии, выходящий на Крюков канал и нынешнюю площадь Труда, возвел много позже, в 1847–1849 годах, талантливый военный инженер М. А. Пасыпкин. В соответствии с «высочайше утвержденным» в 1848 году вариантом застройки Новой Голландии, в проекте Пасыпкина сохранились старые каменные «магазины» Чевакинского. Весь же архитектурный ансамбль островка теперь приобрел вид равностороннего треугольника с небольшим изломом по стороне, выходящей на Мойку. Автором проекта также намечалось строительство второй гигантской арки, у Крюкова канала, однако и на этот раз она не была построена.
К концу XIX столетия Новая Голландия утрачивает значение базы Военно-морского флота и становится по целому ряду причин неудобной для хранения и перемещения специфических военных грузов Морского министерства. Комплекс ее сооружений и зданий приходит в запустение. Очевидцы упадка некогда неприступной, похожей на крепость Новой Голландии, вошедшей в историю петровского флота своей ролью в развитии отечественной кораблестроительной науки, с горечью писали: «Значительная часть складов Новой Голландии, как мы имели случай неоднократно убедиться на месте, наполнена старым хламом вроде, например, ломаных деревянных моделей, которые вследствие их полной непригодности отказался принять Адмиралтейский завод и которые годятся только на дрова; ломаным чугуном и железом (только не медью, так как последняя давно расчищена) и тому подобными предметами. Посреди обширного двора лежат и ржавеют старые вентиляционные раструбы, цистерны и тому подобные предметы, годные только на лом…».
Внутри Новой Голландии продолжалась еще бестолковая, хаотичная застройка. Кроме Морской тюрьмы и дополнительных складов здесь возвели здание маслобойной мастерской, мясосольного производства, бани и прачечной для заключенных «Бутылки». Затем здесь построили дом для коменданта и офицеров, утепленную будку для канцелярских чиновников мундирных складов и несколько небольших мастерских. В это смутное время в Морское министерство начинают поступать предложения и проекты о капитальной реконструкции Новой Голландии.