Впрочем, это не помешало царю-реформатору наградить своего любимца золотой медалью «За труды по освобождению крестьян», а позже, в 1861 г., назначить графа Петра Андреевича начальником штаба Корпуса жандармов. Через пять лет персональным указом Александра II граф Шувалов становится главным начальником Третьего отделения.
Период работы графа П.А. Шувалова на этом посту с 1866 по 1873 г. является вершиной его могущества. Однако для многих до сих пор остается непонятным, почему граф Петр Андреевич, являясь непосредственным советником российского императора, его «ближайшим боярином», оставался стойким противником александровских умеренно-либеральных преобразований, ознаменовавших первое десятилетие царствования императора Александра Николаевича.
Считается, что деятельность графа П.А. Шувалова и его единомышленников – российских министров и сановников, употребивших все силы и влияние, чтобы воспрепятствовать проводимым реформам, заставила царя-освободителя, планировавшего продолжить реформы 1860-х гг., но уставшего от постоянного напряжения и нетерпимости к их внедрению, взять «тайм-аут», приостановить движение вперед, потерять столь необходимый темп и тем самым погубить весь начатый в России реформаторский процесс.
Ближайший друг графа П.А. Шувалова – государственный секретарь А.А. Половцев, человек не разделяющий намерений государя в проведении реформ, с горечью вспоминал: «Взвалившая на себя непомерную ношу борьбы с нараставшим „либерализмом“ русского общества графская четверка (граф П.А. Шувалов, граф К.И. Пален, граф Д.А. Толстой и граф А.П. Бобринский. –
Постепенно авторитет и роль Петра Андреевича в качестве столь значительного государственного лица падают, и в 1874 г. Александр II вынужден был вежливо освободить своего подопечного от должности шефа жандармов и главного начальника III отделения, оставив его членом Государственного совета и назначив чрезвычайным и полномочным послом в Англию, где, по словам очевидцев, неопытного в делах международной политики графа Шувалова неоднократно вынуждали заблуждаться, пользоваться ложной информацией и принимать неверные политические решения. По высказыванию друга, того же Петра Андреевича – государственного секретаря А.А. Половцева: «Его неприготовленность, легкомыслие, бесцеремонность в обращении с мыслями и быстрота в ведении дел лишили его деятельность той доли пользы, на которую выдающиеся его способности могли давать право надеяться».
Деятельность графа Петра Андреевича Шувалова на дипломатическом поприще вызвала в свое время немало справедливых возмущений и нареканий. Он легкомысленно пошел на уступки англичанам в Афганистане, не получив при этом каких-либо компенсаций для России. Стал активным сторонником невмешательства России в дела на Балканском полуострове.
Возражал против начала войны с Турцией в 1877 г. и обещал англичанам не переносить действия российских вооруженных сил в Средиземное море. Благодаря этому Балтийский флот так и остался тогда в своих базах.
Особенно много нареканий Шувалов имел после Берлинского международного конгресса в 1878 г. Истощенная войной Россия, потерявшая более 200 тысяч человек и несущая огромные экономические потери, вынуждена была согласиться на пересмотр Сан-Стефанского мирного договора, заключенного 19 февраля 1878 г. Тогда его подписание завершило войну России с Турцией. В течение трех месяцев, предшествующих Берлинскому конгрессу, между договаривающимися сторонами шла острая дипломатическая борьба относительно условий пересмотра договора.
На Берлинском конгрессе 1878 г. Россию представляли министр иностранных дел А.М. Горчаков и посол в Лондоне П.А. Шувалов, согласившиеся под давлением английских и австрийских дипломатов на многие значительные уступки не только в пользу проигравшей войну Турции, но и Австрии, позволив ей оккупировать Боснию и Герцеговину. Общественные круги Российской империи в те дни особенно резко критиковали графа П.А. Шувалова, проявившего на конгрессе непозволительную мягкость и благодушие в отстаивании политических интересов России.