в) Коллизионная ситуация, связанная с преюдицией, возникает и в тех случаях, когда суд, рассматривающий выделенное уголовное дело, приходит к иным выводам, чем суд, постановивший приговор или вынесший определение по основному делу. Противоречие между приговором (определением) по основному делу и внутренним убеждением суда, рассматривающего выделенное уголовное дело, может касаться как события преступления в целом, так и отдельных его обстоятельств (время, способ совершения преступления, лица, участвовавшие в преступлении, их роль в совершении преступления и т. п.). Если, например, лицо, в отношении которого уголовное дело было выделено в самостоятельное производство, согласно приговору суда по основному делу, участвовало в преступлении в качестве его организатора, то при рассмотрении выделенного уголовного дела суд может прийти к убеждению, что это лицо вообще не принимало участия в преступлении, либо его роль в совершении преступления была иной (пособник, подстрекатель), либо оно было лишь прикосновенным к преступлению (недоносительство, заранее необещанное укрывательство). Представляется, что внутреннее убеждение суда, рассматривающего выделенное уголовное дело, не должно быть связано вступившим в законную силу приговором (определением) суда по другому делу. Обвиняемый по выделенному делу не участвовал в этом качестве при рассмотрении основного дела. Следовательно, полнота и достоверность установления фактов, характеризующих его личное участие в преступлении, при рассмотрении основного дела не были обеспечены достаточными процессуальными гарантиями. Но из этого следует, что факты, при установлении которых обвиняемый не пользовался своими процессуальными правами, не должны иметь характера неопровержимых. Они могут быть подвергнуты сомнению и опровергнуты в приговоре суда по выделенному уголовному делу
В процессе доказывания по уголовным делам играют важную роль не закрепленные в нормах права фактические (естественные) презумпции. Они представляют собой обобщения, выведенные из судебной и следственной практики, сформулированные криминалистикой и другими науками, применяющимися при расследовании преступлений. Фактические презумпции позволяют сделать предположительный вывод об искомом факте при наличии определенных признаков (доказательств). При расследовании уголовных дел применяется также большое количество обычных житейских презумпций. М. С. Строгович отрицает значение фактических презумпции для советского уголовного судопроизводства, считая, что они «по природе своей ни презумпциями, ни косвенными уликами не являются, так как содержат весьма приблизительные обобщения, всегда нуждающиеся в проверке с помощью доказательств». В. И. Каминская, считая «сомнительной» постановку вопроса о действии фактических презумпций в советском уголовном процессе, тем не менее признает, что «фактические презумпции играют определенную роль в умственной деятельности судьи, как и всякого человека, который прибегает и не может не прибегать к презюмированию на каждом шагу» А. А. Эйсман и Г. М. Резник, изучая логическую структуру судебного доказывания, пришли к выводу, что фактические презумпции содержат обосновывающее знание в больших посылках правдоподобных умозаключений. Последняя точка зрения представляется правильной. Практическая деятельность человека, в том числе и в области судопроизводства, невозможна без использования фактических презумпций, позволяющих, во-первых, осмысленно и целенаправленно отбирать необходимый фактический материал; во-вторых, предварительно его оценивать; в-третьих, правильно намечать гипотезы для дальнейшего исследования Знание наиболее вероятных, типичных приемов совершения различного рода преступлений создает ряд презумпций, исходя из которых следователь ищет следы и иные признаки преступления именно в тех местах, где они скорее всего могли остаться. Фактические презумпции находят применение и при использовании в доказывании так называемых общеизвестных фактов, не подлежащих доказыванию по причине их очевидности, бесспорности. Общеизвестные факты в уголовном процессе (потопа) выводятся из таких фактических презумпций, которые в крайне редких случаях могут быть опровергнуты. Например, то обстоятельство, что днем светло, общеизвестно, но и оно может быть подвергнуто сомнению, например, в случае бури, солнечного затмения и т. п. Особая группа общеизвестных фактов объединяет конкретные исторические, географические и подобные им факты, широко известные населению (и суду) данной местности или данной страны и потому не нуждающиеся в доказывании. При наличии сомнения общеизвестные факты подлежат доказыванию, которое в данном случае представляет собой процесс опровержения приложимости фактической презумпции к конкретному случаю Изучением «обычного хода вещей» при совершении различного рода преступлений занимается криминалистика. Обобщая приемы и способы совершения преступлений, она формулирует фактические презумпции и, исходя из них, разрабатывает рекомендации по эффективному раскрытию преступлений.