Помимо двух боевых провинций орден владел отдельными командорствами, объединенными с провинциями так называемыми «мирными» договорами. В конце XIV столетия, помимо Пруссии и Ливонии, во владении ордена было семь провинций, командорства в Германии, Австрии, Богемии, Венгрии, Эльзас-Лотарингии, Бургундии, Италии и Померании. С XIII столетия орден владел многочисленными землями и движимым имуществом, полученными в дар от западных рыцарей по возвращении их из крестовых походов, которые этим засвидетельствовали свое признание за те услуги, которые получали в тевтонских госпиталях в Святой земле во время крестового похода под предводительством Людовика Святого. Эти земли находились в основном в Шартре, Невере и Труа. Они были проданы в 1501 г. аббатству Клерво командором провинции Лотарингия Жаном Ланжелланом с согласия магистра ордена в Германии и Италии Хартмана фон Солтенома. Причиной, оправдывающей эту продажу — по цене, впрочем, весьма низкой, — называют то, что эти земли были значительно удалены друг от друга, что затрудняло управление ими; кроме того, эти епархии были практически в развалинах вследствие разрушений, причиненных во время Столетней войны, а приводить их в порядок было для ордена чересчур накладно.
Дабы управлять столь разбросанной и обширной империей, орден тевтонских рыцарей создал эффективную организацию с централизованными и четко регламентированными учреждениями, деятельность которых подчинялась уставу. Устав ордена состоял из правил, законов и ритуалов,
которые постоянно дополнялись с учетом обстоятельств и требований текущего момента. Первоначально Орден Святой Марии Немецкой в Иерусалиме подчинялся правилам, заимствованным в большой степени у госпитальеров, что касается религиозной миссии, и у тамплиеров, что касается воинских обязанностей. Но вскоре, особенно с приходом Германа фон Зальца, Тевтонский орден постепенно отошел от духовной подчиненности двум другим орденам и стал жить по Уставу, утвержденному папской буллой от 9 января 1221 г. и тридцатью четырьмя другими от 15—21 января того же года, направленными папой Гонорием III Герману фон Зальца. Разрешение папы Иннокентия IV от 9 февраля 1244 г. и новые уставы, принятые в 1297 г. во время съезда ордена в Венеции, составили основные положения Устава тевтонских рыцарей.Во главе ордена стоял магистр (magister),
который в начале XIII столетия стал называться «великим магистром» (magister generalis — Hochmetster), чья власть постоянно расширялась. Великий магистр на основании устава 1297 г. становился властелином, пользующимся абсолютной властью как над орденом, так над людьми, живущими на территориях ордена, и их имуществом. Единственно, что ограничивало всемогущество магистра, так это положения устава ордена.Магистр избирался пожизненно капитулом (Wahlkapitet),
что было как бы синтезом выборной системы и системы кооптации. Вначале все братья ордена выбирали единодушно «командора голосования» (Wahlkomtur). Последний выбирал брата, и оба приходили к соглашению по поводу выбора третьего, и так далее, до тех пор пока достигалось требуемое количество братьев — тринадцать. Тринадцать кооптированных избранников составляли избирательный капитул, ответственный за избрание магистра. Символическая цифра «тринадцать» символизировала Христа и его двенадцать апостолов. Число «тринадцать» характерно для многочисленных командорств, которые состояли из тринадцати рыцарей, деление провинции в Германии на тринадцать судебных округов. Традиция требовала, чтобы среди тринадцати было восемь рыцарей, пять представителей от братьев и один представитель от братьев-священников. Когда наступал момент выборов нового магистра, комтур голосования объявлял во всеуслышание имя брата, которого он считал наиболее достойным исполнять эту высочайшую обязанность. Если остальные избиратели одобряли этот выбор, считалось, что выборы состоялись без дополнительных формальностей; но могло случиться и так, что выбор отклонялся, и в этом случае все избиратели договаривались о другой приемлемой кандидатуре. Такая система действовала до 1500 г., что, за редким исключением, позволяло избирать в великие магистры ордена достойных людей.Когда в конце XII столетия создавался орден, резиденция магистра находилась в Акре, затем в 1230 г. была перенесена в замок Монфор, после падения Монфора в 1271 г. снова вернулась в Акру. С прекращением христианского присутствия в Палестине тевтонские магистры обосновались сначала в Венеции, затем в 1309 г. в Пруссии, в крепости Мариенбург, которую оставили в 1457 г., чтобы сделать своей резиденцией замок в Кенигсберге.