Конфликт между правителем Германии и великим магистром спровоцировал напряжение в Пруссии. Лига Ящериц использовала недовольство подданных ордена, чтобы создать союз дворянства с городами. Магистр Руссдорф искал поддержки у своих прусских подданных, созывал представителей в Эльбинг, но все напрасно. Представители городов договорились с представителями дворянства об образовании Прусской Конфедерации
Магистр Руссдорф столкнулся теперь с мятежом своих подданных. Он созвал Большой Совет и Ассамблею городов в день Вознесения 1440 г. Собравшиеся представители проголосовали за отмену большей части налогов и поборов, которые были введены, дабы покрыть военные расходы. Магистр, обескураженный неудачами, слабый в силу почтенного возраста и нездоровья, решился отречься от сана во время генерального капитула, состоявшегося в Мариенбурге 6 декабря 1440 г.
В течение четырех месяцев, прошедших со дня отречения Руссдорфа и выборами его преемника, Конрада фон Эрлихсхаузена (1441-1449), Прусская Конфедерация добилась своего официального признания императором, что было отражено в документе, подписанном 6 февраля 1441 г. Новый магистр, сознающий шаткость своего положения, пытался сохранить мир с соседней Польшей; он дважды встречался с молодым королем Польши Владиславом III, сначала в Бржеске, затем в Торне, на последней встрече были подтверждены условия договора 1435 г. Его племянник и преемник Людвиг фон Эрлихсхаузен (1450-1467) попытался с помощью папы и императора призвать к повиновению Прусскую Конфедерацию. Члены Конфедерации обратились к новому королю Польши Казимиру IV за поддержкой в борьбе против ордена. Несмотря на то что король Польши сообщил магистру о своем намерении строго соблюдать условия действующего договора, он продолжал поощрять действия членов Конфедерации. В начале февраля 1454 г. всеобщее восстание против ордена под руководством Ганса фон Байзена разгорелось во всей Пруссии. Некоторые замки ордена попали в руки повстанцев и были разрушены. Данциг, Страсбург, Эльбинг пали, затем настала очередь Балги и Кенигсберга. Только в феврале, согласно летописям ордена, пятьдесят шесть городов были взяты членами Конфедерации, и 17 февраля 1454 г. конфедераты осадили Мариенбург.
Обе стороны пытались вербовать наемников в империи, Богемии и Польше, но денег не хватало, особенно у Тевтонского ордена. Запертый в стенах Мариенбурга, великий магистр призвал на помощь великого командора Саксонского; он поручил ему сдать в аренду территорию Новой Марши, находящуюся в руках курфюрста Бранденбургского, за сорок тысяч рейнских флоринов. Соглашение было заключено в Кельне-на-Шпрее 22 февраля 1454 г.
В то же время делегация конфедератов отправляется в Краков, чтобы предложить королю Польши Пруссию, взамен король должен подтвердить их привилегию на свободную торговлю и отменить таможенные пошлины. Польша бросила все свои силы против Тевтонского ордена, на этот раз с участием членов Конфедерации, которые 15 апреля 1454 г. в Торне поклялись в верности Польше в войне против Тевтонского ордена, что и ознаменовало начало войны, известной под названием Тринадцатилетней, которая закончилось триумфом врагов ордена.
В начале войны тевтонские рыцари оказались в одиночестве: больше половины городов присоединилось к Конфедерации. Церковь Пруссии присоединилась к королю Польши. За исключением епископа Вармии, все остальные присягнули на верность новому владыке, королю Польши. Однако члены Конфедерации и их польские союзники были осуждены папой и императором, а также почти всеми европейскими монархами.
Прибытие командора Германии с подкреплением заставило конфедератов снять осаду Мариенбурга и присоединиться к польской армии. 18 сентября тевтонцы освободили крепость Кониц в Померании и одержали победу над осаждающими, большинство штандартов Польши и Литвы, а также польские королевские знамена попали в руки победителей, вместе с несколькими пушками, не считая большого количества других трофеев. Король Казимир и его армия отошли на юг и укрепились на подступах к Торну. Коницкая победа позволила тевтонским рыцарям освободить Мариенбург и занять Меве и Диршау, которые были в руках конфедератов. Она изменила отношение некоторых мятежных городов, тем более что посол папы Николая пригрозил отлучением от Церкви мятежникам и их союзникам. В конце сентября Мариенвердер, Остерод, Дейч-Эйлау подчинились великому магистру, а епископ Самбии лично преподнес магистру золотые дароносицы своих церквей, дабы финансировать набор наемников.