Крах австро-венгерской империи и ее распад в октябре 1918 г., казалось, предвещал в очередной раз конец Тевтонского ордена, имеющего тесные связи на протяжении трех веков с Габсбугским домом. В большинстве государств, появившихся после распада монархии, в Чехословакии, Югославии, Италии, которая только что аннексировала южный Тироль, на Тевтонский орден стали смотреть как на символ Габсбургов. Правители государств-преемников, а также преемники Антанты не скрывали своих антибуржуазных и антикатолических чувств и охотно пожертвовали орденом, признанным анахроническим и антидемократическим институтом. Конференция представителей государств Антанты открыто заявила о своей враждебности к Габсбургам в декларации от 2 февраля 1920 г., объявила, что выступает против восстановления дома Габсбургов в Венгрии. Это не было пустым заявлением, так как дважды, в марте и октябре 1921 г., Антанта угрожала Венгрии военным вмешательством, если император Карл возвратится на трон. При поддержке со стороны сильных держав преемники империи предложили конфисковать владения Тевтонского ордена, расположенные на их территориях, так как здесь речь шла об императорских вотчинах.
Дабы спасти Тевтонский орден, магистр эрцгерцог Евгений, считавший, что его положение как главы ордена может способствовать мнению, будто орден является владением Габсбургов, попросил у папы Пия XI в 1923 г. разрешения уйти в отставку. Папа, озабоченный тем, чтобы поддерживать хорошие отношения с государствами-преемниками, его отставку принял. Архиепископ, высланный в Базель с тех пор, как все Габсбурги были изгнаны из Австрии республиканским правительством, созвал генеральный капитул в Вене, дабы назначить коадъютора. По его просьбе избиратели остановили свой выбор на брате-священнике ордена Норберте Клейне, бывшем епископе Брунна (Брно), который был изгнан из своей епархии чехословацкими властями. Основной задачей коадъютора явилось стремление «приспособить» Тевтонский орден к новым геополитическим условиям, принимая в расчет настроения государств-преемников, на территории которых находились владения ордена. Дипломаты государств-преемников и представители Австрийской Республики приняли участие в обсуждении реальных связей между орденом и Габсбургами. В конечном счете точка зрения австрийских дипломатов, согласно которой Тевтонский орден был, в сущности, орденом религиозным, победила. Но Тевтонскому ордену пришлось столкнуться с нападками представителей Церкви. Папа Пий XI поручил своему прелату рассмотреть жалобы, выдвинутые против Тевтонского ордена. Некоторые утверждали, что Тевтонский орден должен подчиняться ордену госпитальеров, ставшему Мальтийским, что владения Тевтонского ордена должны быть переданы Мальтийскому ордену. Прелат встал на защиту Тевтонского ордена, но попросил орден считаться с новой ситуацией. Принятое генеральным капитулом новое правило было утверждено папой 27 ноября 1929 г.
Устав, принятый в 1929 г., коренным образом изменил характер деятельности ордена. Название «Орден тевтонских рыцарей»
На долю Тевтонского ордена выпало еще немало испытаний. Вскоре после «Аншлюса» и аннексии Австрии в пользу «Великой Германии» в марте 1938 г. орден подвергся жестоким репрессиям со стороны нацистских властей, которые видели в нем бастион легитимного «проГабсбургства». Магистру Роберту Шэльцки (1936-1948) пришлось встретиться лицом к лицу с новым режимом. Декретом от 6 сентября 1938 г. орден был распущен и его имущество конфисковано. Многие братья были арестованы и высланы, в том числе и магистр. После создания немецкого протектората в Богемии-Моравии в марте 1939 г. учреждения ордена, оказавшиеся на этой территории, ждала та же участь. Что касается членов ордена в Югославии и Тироле, их положение оставалось всегда шатким, их госпитали были реквизированы и переданы армиям стран Оси.