Второй Далай-лама, признанный таковым также спустя много лет после смерти, Гэндун Гьятсо, родился в 1475 году, в семье известного йогина и знаменитой йогини, принадлежавших к традиции ньингма. Над домом, в котором он появился на свет, тут же возникли радужные дуги и прочие чудесные знамения, а младенец сразу же произнес священную мантру Тары, божества-покровителя первого Далай-ламы, воплощением которого он и был признан в возрасте четырех лет. До одиннадцати лет мальчик оставался дома, где родители передали ему все свои Учения и практики, предварительно посвятив его в них. Затем он стал жить и учиться в монастыре Ташилунпо. Курс обучения для лиц столь высокого духовного ранга занимал 20-30 лет. Во время обучения он полностью принял все монашеские обеты традиции гелуг. В своей дальнейшей жизни Гэндун Гьятсо много писал, и собрание его сочинений насчитывает несколько сот отдельных произведений. Он был совершеннейшим Владыкой Учения, великим Дхармараджой.
Очень интересна его мистическая связь с чудесным озером Лхамо Лацо, расположенным в 150 километрах от Лхасы и являющимся традиционным местом паломничества тибетских монахов. Далай-лама II посетил это озеро в 1509 году, сосредоточил взгляд на его водной глади и тут же пережил ряд сменявших друг друга видений. Затем он удалился в медитативный затвор (ритрит) на берегу этого озера, по выходе из которого совершил ритуалы благословения и наделения силой озера. С тех пор каждый, кто посещал это озеро и с чистым сердцем предавался медитации на его берегах, получал дар ясновидения. Озеро пророчествовало посредством отражений, возникавших в его спокойных водах, и стало центром притяжения тысяч паломников. Все последующие столетия, вплоть до сегодняшнего дня, это озеро является основным средством определения места перерождения Далай-лам и других высоких тулку. Более того, сразу же после освящения и наделения силой его вод озеро стало помогать в разрешении политических и религиозных вопросов. Гьялва Гэндун Гьятсо основал на берегу Лхамо Лацо монастырь Чокоргьял.
Погрузившись в медитацию, Гэндун Гьятсо легко ушел из сансары в 1542 году жил же он всего 67 лет. Говорят, что после своей смерти Гэндун Гьятсо, оглянувшись на постоянные светские и религиозные раздоры в Тибете, решил больше не продолжать здесь свою линию перерождений. Но к нему явились великие Учителя Падмасамбхава, Атиша и Цзонхава, чтобы убедить его отказаться от столь пагубного намерения. Падмасамбхава произнес пророчество, согласно которому в случае, если Далай-лама покинет Тибет, эта несчастная страна погибнет в омуте распрей, буддистское Учение и живые существа погрузятся в океан страданий на долгие столетия. Если же Далай-лама продолжит свой труд в Тибете, то это принесет великие плоды всего через сто лет, когда и буддизм, и живые существа получат неизмеримую пользу, мир и согласие воцарятся в Стране Снегов, а Далай-лама станет правителем ее народа. Конечно же, Гэндун Гьятсо должным образом воспринял это предсказание, и линия Далай-лам, воплощений милостивого и всевидящего Авалокитешвары, продолжилась в Тибете.
Далай-лама III, Соднам Гьятсо, родился в 1543 году, был признан перерождением Гэндун Гьятсо и отдан в монастырь Дрэпунг, настоятелем которого вскоре и стал. Но Далай-лама всегда был не только духовным, но и политическим вождем Тибета. Он прошел еще и курс обучения в монастыре Ташилунпо, а затем получил приглашение от хана тумэт-монголов Алтан-хана посетить Монголию. Но, как гласит традиция, первое приглашение было гордо отклонено. Однако гордиться было нечем: традиция желтой веры, желтошапочников – гелуг – вовсе не господствовала в Тибете, где в XVI веке политическая власть принадлежала скорее линии кагью во главе с Кармапой. Правда, и эту традицию раздирали внутренние противоречия между сторонниками черношапочников, приверженцев Кармапы, и сторонниками красношапочников, приверженцев Шамарпы.
Поэтому, получив второе приглашение, сопровождавшееся прибытием большой делегации и дарами в виде лошадей, верблюдов и прочего, Соднам Гьятсо летом 1578 года прибыл в ставку Алтан-хана во Внутренней Монголии, в городе Коко-Хотан, что значит Голубой Город. Итог этой встречи был вполне обнадеживающим: Соднам Гьятсо получил от Алтан-хана титул Далай-ламы и сделался его личным Учителем, а среди монголов стал зарождаться буддизм традиции гелуг. Алтан-хан вручил Соднаму Гьятсо печать с надписью «Дордже-чанг», что значит «Держатель Ваджры», громового скипетра, а Соднам Гьятсо наделил Алтан-хана титулом Царя Веры, Брахмы Богов, то есть главы богов. Более того, Далай-лама III предсказал, что потомки хана станут правителями всей Монголии, не пройдет и 80 лет, и, кроме всего прочего, пообещал в следующий раз непременно переродиться именно в Монголии. Свой союз и дружбу навеки два восточных мудреца скрепили закладкой монастыря Тхенгчен Чокпор.