Нападение Германии на Советский Союз ставило крест на возможностях эсэсовских исследователей добраться до Тибета по суше — возможности добраться по морю они лишились еще в сентябре 1939 года. Но в те дни в Германии усиленно курсировали слухи, что «война будет недолгой и Россия капитулирует в ближайшие недели». А пока сотрудников «Аненэрбе» прельщала возможность получить богатый исследовательский материал на оккупированных советских территориях. В те дни «Наследие предков» активно участвовало в разграблении южных земель СССР и России. Бегер вновь пытается сформулировать оригинальную идею. Летом 1941 года он пишет Шеферу, что все вывозимые из СССР материалы, относящиеся к Центральной Азии, должны передаваться в их отдел «Наследия предков». Он опасался, что, вступив в Москву и Ленинград, представители других ведомств тут же растащат все материалы.
В августе 1942 года, словно продолжая эту тему, Бегер стал проявлять повышенный интерес к коллекции черепов, которые во время своей поездки по Азии собрал Адольф фон Шлагинтвайт. Позже эта коллекция была принесена в дар русскому царю. В 1942 году это собрание находилось в Ленинграде. Бегер требовал, чтобы Шефер «забронировал» за «Наследием предков» эту коллекцию, состоящую из 253 «экспонатов», а также утварь ламаистского храма. Бегер не хотел ждать, когда Ленинград падет, и уже делил шкуру неубитого медведя.
Впрочем, Шефер не возражал, чтобы его отдел в составе «Аненэрбе» получил хоть какую-то пользу от начала войны с Советским Союзом. Предчувствуя большой куш, почти все сотрудники отдела стали уходить с периферии научного мира. К тому же, чтобы вдруг не оказаться на фронте, надо было обязательно выполнить хотя бы одно особое поручение Гиммлера. Длительное пребывание в тылу могла обеспечить только непрерывность данного процесса. А для этого требовалось, чтобы реализация проектов шла более-менее успешно.
Летом 1941 года Бегер кроме составления докладных записок и работы в «Аненэрбе» все больше и больше погружался в дела своей бывшей инстанции — Главного управления СС по вопросам расы и поселений. Он проводил массовые обследования на предмет «расового освидетельствования» в Норвегии.
Летом 1941 года он даже специально задержался в горах, чтобы у руководителя данного расового проекта штандартенфюрера СС профессора Гольфельдера познакомиться с оригинальной методикой расового обследования при помощи рентгеновского аппарата. Увиденное настолько впечатлило Бегера, что тот по собственному почину ввязался с Генрихом Гиммлером, дабы убедить рейхсфюрера СС в необходимости повсеместного внедрения подобной практики: «Я поражен возможностями и результатами, которые можно получить при проведении обширного обследования норвежского народа. Однако аналогичные исследования в Германии и других европейских странах могут начаться только осенью этого года или вообще после окончания войны… Но для работ в Норвегии штандартенфюрер СС профессор Гольфельдер использует рентгеновские~аппараты, которые в количестве четырех штук смог достать для норвежских СС. Данный проект может осуществляться круглогодично: летом в Северной Норвегии, весной и осенью — на южном и западном побережье и в центральной части страны, в зимние месяцы — в крупных городах. Освидетельствование всех норвежцев надо начать с 11 — летнего возраста. Планируется проводить его каждый год».