Престарелый митрополит молча и с грустью смотрел на быстрое крушение прежних порядков, не одобрял нововведений, но и не отваживался на безнадежную борьбу. Грубер благоразумно устранился от прямого с ним столкновения; он притаился, ожидая минуты, когда его призовут на совет, а между тем, по старой, испытанной системе своего ордена, разными путями, через своих соумышленников, докучал государю безпрестанными жалобами на департамент Юстиц-коллегии. Это, наконец, надоело императору, и, чтобы узнать правду, он потребовал к себе Грубера. Последствием их свидания был высочайший приказ о снятии с Сестренцевича Мальтийского ордена и о воспрещении ему въезда ко двору. Через несколько дней, в и часов вечера, полицейский чиновник объявил Сестренцевичу высочайшее повеление немедленно встать с постели, очистить для отца Грубера дом, в котором жил митрополит при церкви, и перебраться в дом Мальтийского ордена. В ту же ночь, к трем часам пополудни, это было исполнено. Отец Грубер не замедлил взять в свое распоряжение как дом, так и церковь и притом сказал своим приятелям из местных прихожан: «Каково я вымел церковь!» Между тем, Сестренцевич, желая разъяснить себе причину неожиданной немилости и дальнейшую судьбу свою, обратился за справками к графу Палену. «Право, я ничего не знаю, — отвечал ему граф и прибавил, — а в каких вы отношениях с отцом Грубером?» Сестренцевич понял, что в этом вопросе заключался ответ.
Вскоре после этого отец Грубер, пользуясь данным ему правом, явился к государю. «Что нового и о чем поговаривают в городе?» — спросил его император. — «Забавляются указом Вашего Величества в нашу пользу». — «А кто смеет?» — Иезуит вынул из кармана и подал государю лист бумаги, на котором выставлено было 27 имен, в том числе члены департамента Юстиц-коллегии и во главе их сам председатель митрополит Сестренцевич. Этим дело было повершено. Ноября 14, 1800 года Сестренцевич был уволен и сослан на жительство под надзором полиции в свое имение. Прочие лица, значившиеся в списке, частью подверглись той же участи, частью взяты были под арест. «Эти негодяи (ces lourques), — проговорил благочестивый иезуит, — никогда не вернутся». В этом он, однако, ошибся. Вы знаете, из какой книги я перевел почти буквально весь этот рассказ, и потому, вероятно, не захотите оспаривать его достоверности. Мнения вашего о поступке благочестивого отца Грубера я не спрашиваю, ибо угадываю его. Он действовал ad majorem Dei gloriam, а употребленное им средство по учению иезуитских богословов Эскобара и Бузенбаума позволительно и безгрешно.
Место удаленного Сестренцевича в департаменте Юстиц-коллегии занял его коадъютор, некий Бениславский, восполнявший совершенное отсутствие всяких способностей безусловною преданностью иезуитам. Таким образом, все управление делами латинской церкви перешло в их руки; они развернулись на свободе не только в Белоруссии, но по всей России, овладели несколькими церквями в колониях саратовских и новороссийских, в Одессе, в Риге, основали семинарию и школу в Петербурге и другие школы в Астрахани и Моздоке; несколько суконных фабрик они завели себе еще прежде, при Екатерине.
Между тем, в глазах папы, орден все еще считался упраздненным, и варшавские нунции, как при Екатерине, так и при Павле, не переставали громить ослушников и настаивать на исполнении декрета Климента XIV. Наконец, по кончине уже императора Павла, получен был исходатайствованный им декрет Пия VII, от 7 марта 1801 года, которым разрешалось не восстановление, а как бы учреждение вновь общества под названием Иисусова, притом в одной лишь России, а не вне ее пределов, и предоставлялось членам этого общества право законного священнодействия, проповедования, исповедования и совершения таинств.
Этот декрет сообщен был государственным канцлером отцу Груберу, в то время генералу ордена, при отношении от 8 сентября 1802 года, заслуживающем внимания потому, что в нем еще раз, в виде предостережения на будущее время, изложено условие, на котором правительство признавало орден в пределах России и оказывало ему покровительство. «Я докладывал, — пишет канцлер, — Государю Императору о намерении вашем ввести в ваших коллегиях преподавание всех наук на русском языке и позаботиться о том, чтобы в монастырях и коллегиях ваших отнюдь и никогда бы не было допускаемо ничего предосудительного для господствующей церкви. Его Величество надеется, что вы сдержите в точности обещания, вами данные от имени вашего ордена, тем более, что Государю угодно, чтобы в случае их нарушения, а в особенности, если бы дерзнули привлекать к принятию римско-католической веры кого-либо из молодых людей, исповедующих иную веру, поступлено было со всею строгостью. Государь ставит в зависимость от этого непременного условия не только покровительство, оказываемое иезуитскому ордену, но и самое допущение его в пределах России».
Итак, условие со стороны русского правительства было высказано со всею определительностью, а со стороны иезуитов — формально и добровольно принято.