В течение некоторого времени война с испанцами носила характер мелких стычек без решительного перевеса для той или другой стороны. В июне 1814 г, Бовес со всеми своими силами направился из Калабосо на Ла-Пуэрту, где произошло соединение войск обоих диктаторов, Боливара и Мариньо; здесь Бовес встретился с ними и приказал своим войскам немедленно их атаковать. После некоторого сопротивления Боливар бежал в Каракас, а Мариньо исчез в направлении Куманы. Пуэрто-Кабельо и Валенсия попали в руки Бовеса, который затем двинул две колонны (одну из них под командованием полковника Гонсалеса) по разным дорогам на Каракас. Рибас сделал тщетную попытку воспрепятствовать наступлению Гонсалеса. Когда 17 июля 1814 г. Каракас был сдан Гонсалесу, Боливар эвакуировал Ла-Гуайру, приказал стоявшим в гавани этого города кораблям плыть в Куману и отступил с остатками своих войск к Барселоне. После поражения, нанесенного Бовесом 8 августа 1814 г. повстанцам у Аргуиты, Боливар в ту же ночь тайно покинул свои войска, чтобы окольными путями поспешить в Куману, где, несмотря на гневные протесты Рибаса, он немедленно сел на корабль «Бианки» вместе с Мариньо и некоторыми другими офицерами. Если бы Рибас, Паэс и другие генералы последовали за диктаторами в их бегстве, то все было бы потеряно. Встреченные по своем прибытии в Хуангриего, на острове Маргариты, генералом Арисменди как дезертиры и получив приказание убраться, они отплыли в Карупано, но, принятые там подобным же образом полковником Бермудесом, направились оттуда к Картахене. Здесь, чтобы смягчить впечатление от своего бегства, они обнародовали оправдательную прокламацию, составленную в высокопарных фразах.
Примкнув к заговору, организованному с целью свержения правительства Картахены, Боливар должен был покинуть эту маленькую республику и перебраться в Тунху, где заседал конгресс федеральной республики Новой Гранады[236]
. В это время провинция Кундинамарка стояла во главе независимых провинций, которые отказались признать гранадский федеральный договор, между тем как Кито, Пасто, Санта-Марта и другие провинции все еще оставались во власти испанцев. Боливар, прибывший в Тунху 22 ноября 1814 г., был назначен конгрессом главнокомандующим федеральными силами и получил двойное поручение — принудить президента провинции Кундинамарка признать власть конгресса, а затем направиться против Санта-Марты, единственного укрепленного морского порта Новой Гранады, который еще удерживали в своих руках испанцы. Первая часть поручения была выполнена без труда, так как Богота, столица недовольной провинции, была беззащитным городом. Несмотря на ее капитуляцию, Боливар разрешил своим солдатам грабить ее в течение 48 часов. В Санта-Марте испанский генерал Монтальво, располагавший слабым гарнизоном, менее чем в 200 человек, и крепостью, оборонительные сооружения которой находились в самом плачевном состоянии, уже зафрахтовал французское судно с целью обеспечить себе возможность бегства, в то время как жители города дали знать Боливару, что при его приближении они откроют ворота и прогонят гарнизон. Но вместо того, чтобы двинуться против испанцев, находившихся в Санта-Марте, как ему было предписано конгрессом, Боливар, дав волю своему враждебному чувству к Кастильо, коменданту Картахены, самовольно повел свои войска против этого города, который входил в состав федеральной республики. Отброшенный назад, он стал лагерем на Ла-Попе, большом холме, расположенном примерно на расстоянии пушечного выстрела от Картахены, и установил единственную маленькую пушку в качестве батареи против крепости, имевшей приблизительно 80 орудий. Затем он от осады перешел к блокаде, которая длилась до начала мая, не дав других результатов, кроме сокращения его армии вследствие дезертирства и болезней с 2400 человек примерно до 700. Тем временем на остров Маргариты 25 марта 1815 г. прибыла из Кадиса большая испанская экспедиция под командованием генерала Морильо; она сумела подбросить крупные подкрепления в Санта-Марту, а вскоре затем взять и Картахену. Однако еще раньше, 10 мая 1815 г., Боливар в сопровождении около дюжины своих офицеров отплыл на вооруженном английском бриге к Ямайке. Прибыв в это безопасное место, он снова обнародовал прокламацию, в которой выставлял себя жертвой какого-то тайного врага или клики и оправдывал свое бегство перед лицом приближающихся испанцев, изображая его как отказ от командования во имя сохранения общественного мира.