Украйна действительно не хотела быть заодно с Мазепою. Шведы 4 ноября перешли Десну, а Петр спокойно отправился в тот же день в Глухов для избрания нового гетмана и 7 ноября писал к своим: «Объявляем вам, что после переметчика вора Мазепы вчерашнего дня учинили здешний народ елекцию нового гетмана, где все, как одними устами, выбрали Скоропадского, полковника стародубского: и тако проклятый Мазепа, кроме себе, худа никому не принес, ибо народом и имени его слышать не хотят, и сим изрядным делом вам поздравляю». Приехал в Глухов митрополит киевский с двумя другими архиереями, черниговским и переяславским, и торжественно предали Мазепу проклятию. «Того ж дня и персону оного изменника Мазепы вынесли, и, сняв кавалерию (которая на ту персону была надета с бантом), оную персону бросили в палачевские руки, которую палач взял и, прицепя за веревку, тащил по улице и по площади даже до виселицы и потом повесил». На другой день казнили Чечела и других приверженцев Мазепы, взятых в Батурине.
12 ноября проклятие Мазепе было провозглашено в Москве. В Успенский собор съехались архиереи, бояре, приехал царевич Алексей Петрович, и протодиакон на амвоне начал читать письмо от великого государя к царевичу, что бывший гетман Мазепа, забыв страх божий и крестное целование, ему, великому государю, изменил и отъехал к шведскому королю. Потом отслужили молебен о победе над неприятелем, и митрополит Стефан Яворский стал читать к народу поучение про изменника Мазепу: сначала вспомянул Мазепины к великому государю радетельные службы и к людям добродетели, а потом объявил измену и отъезд к шведскому королю. Окончивши поучение, Стефан обратился к другим архиереям и сказал: «Мы собраны во имя господа Иисуса Христа, и нам дано от самого бога вязать и решить; аще кого свяжем на земли, связан будет и на небеси», – и возгласил трижды: «Изменник Мазепа за крестопреступление и за измену великому государю буди анафема!» Прочие архиереи пропели трижды: «Буди проклят». Затем певчие на клиросах пропели многолетие великому государю и новоизбранному гетману Ивану Скоропадскому.
В то же время в Малороссии читали по всем церквам и прибивали к церковным дверям объявление малороссийских архиереев: «Благочестивейшему монарсе нашему бывший гетман Иоан Мазепа изменил и пристал к еретическому королю шведскому, малороссийские отчизни отчуждился, хотя оную под иго работы лядской поддати и храмы божии на проклятую обратити унею. Сего ради духу св. и нам, малороссийским архиереям, тако изволившим, чужд стался церкви святые православно-кафолические и общения правоверных, и все его единомысленники с ним самоизволне от его царского пресветлого величества до противные части шведские уделившиися, от матери нашея церкви св. восточные суть отвержени и прокляты. К сему же и с позосталых домов их, аще кто-либо соизволяя измене той и предаяйся до их части будет, таковый всяк не токмо от церкви св. восточные, от общения таин св., но и от пребывания православных извержется и весьма чужд будет, архиерейско повелеваем».
Из Глухова царь послал грамоту и к запорожцам. Приглашая их быть послушными новоизбранному гетману Скоропадскому, Петр писал: «Уповаем мы на вашу к нам, великому государю, верность, что вы за отчизну свою и за православную веру и за нас стоять и богоотступного изменника Мазепы прелестей слушать не будете, а за верность вашу к нам милость наша монаршеская к вам умножится и посылано будет к вам нашего жалованья на каждый курень по 1500 злотых украинских на каждый год сверх прежнего годового вам жалованья, и прислать бы вам к нам в военный поход немедленно посланцев своих, с которыми то жалованье к вам тотчас прислано будет, и наша милость к вам за ваши верные службы никогда отъемлема не будет; ибо когда прошлые зимы ваши посланные челобитчики о нашем жалованье были удержаны на Москве, також когда и преж сего наш великого государя гнев на вас являлся, и то все учинилось по письмам и ложным доношениям изменника Мазепы, который к нам писывал на вас почасту, будто вы к нам неверность свою являете, хотя вас теми своими лживыми клеветы привесть в нашу немилость, но ныне мы, видя, что он, вор и изменник Мазепа, то чинил по изменничью своему умыслу напрасно, милость свою за верные и постоянные ваши службы приумножать и вас в оной милости содержать будем непременно, потому нынешний новоизбранный гетман Иван Скоропадский о верной вашей к нам службе доносил».