В 1899 г. один из бывших воспитанников братства Иван Абрамов выступил в «Русском богатстве» (1899, № 7) с письмом о неплюевской школе, где разоблачал царившую там «инквизиторскую систему воспитания», убивающую индивидуальную свободу и личность. Статья Абрамова имела широкий резонанс. В полемике, вызванной ею, принял участие и М. О. Меньшиков. Он выступил в «Неделе» (1899, № 49) со статьей, где подробно — на основании личных впечатлений и тщательного изучения печатных работ самого Неплюева — анализировал положение в неплюевском братстве. «Самого Н. Н. Неплюева я считаю человеком замечательным в своем роде, религиозным утопистом, исполненным самых благих намерений, но, к сожалению, не только благих. Смысл его — устроить жизнь на началах христианского братолюбия прекрасна, но средства, для этого взятые, как мне кажется, не безупречны. В черниговском братстве я не встретил тех начал, которые считаю христианскими <…> У г. Неплюева я нашел огромное, многомиллионное имение с цветущей экономией, литейными, сахарными и даже винокуренными заводами <…> среди крайне стесненного землею населения. Это очень бедное и невежественное население обрабатывает и свою землю, и дает возможность существовать неплюевской общине». Самое же главное, с точки зрения Меньшикова, это нравственное калечение крестьянских детей, попадающих в неплюевские школы. В силу системы воспитания, принятой в братстве, они отрываются от народа и «к родному крестьянину <…> относятся с интеллигентным пренебрежением». «Живут в общине довольно дружно, — пишет дальше Меньшиков, — что достигается беспощадным выбрасыванием за борт всех, кто только не повинуется порядкам общины беспрекословно. С первого взгляда можно подумать, что законом жизни здесь служит взаимная любовь, но затем вы замечаете внутренний, как бы прикрытый гирляндами хороших слов железный механизм личной воли г. Неплюева, замечаете самую суровую, деспотическую дисциплину. Она поддерживается <…> системой взаимного надзора и страхом изгнания. Тут почти каждый имеет наблюдателя своей души, и всем вменено в обязанность разыскивать сучки в глазу у братьев своих. Поступки друг друга собираются, записываются в нарочно заведенные книги, публично обсуждаются и оберегаются от забвения. Около трети оканчивающих школу не выносят этого нравственного удушья и несмотря на указанные соблазны, по окончании курса, не вступают в братство».