В первоначальном варианте пьесы причины удаления Сильвестра из Москвы не были до конца ясны читателю. Создавалось впечатление, что Иван IV идет на разрыв со своим наставником необдуманно, в порыве гнева, раздраженный его упрямством. После правки этот эпизод приобрел совершенно другое звучание. Внесенные в окончательный текст слова Грозного: «Я опомнился, поп. И видеть тебя более не хочу… Ты, ты от юности моей держал па узде мою волю. По твоему скаредному разуму мне было и есть, и пить, и с женою жить… Ты, аки бес неистовый, благочестие поколебал и тщился похитить богом данную мне власть… Прочь от меня, — навеки…» — не оставляют сомнений в том, что решение царя непоколебимо. Теперь уже он карает не докучливого советчика, а человека, превысившего свою власть, мешавшего ему самостоятельно управлять государством.
При переработке финальной сцены писатель значительно расширил заключительный монолог Грозного, дополнив его страстной молитвой («Гол и нищ перед тобой, господи…»), выражающей решимость царя беспощадно бороться с изменниками.
Вторая часть драматической повести «Иван Грозный» — пьеса «Трудные годы» — также насчитывает несколько вариантов. Черновые записи писателя свидетельствуют, что по первоначальному замыслу большое место в «Трудных годах» должны были занимать дипломатические переговоры Грозного с английской королевой Елизаветой. Используя сведения о планах военного и торгового союза с Англией, который Иван IV думал закрепить женитьбой на племяннице Елизаветы, драматург хотел показать стремление России к расширению дружественных связей с западными державами. Решив начать пьесу сценой приема русского посла в Лондоне, Толстой предполагал дать затем другую картину, посвященную судьбе длительных англо-русских переговоров. Сохранился набросок этой сцены: «Сцена. Иван и английский посол. Он привез отказ от Елизаветы. Иван говорит ему отповедь. О том, каково стало царство русское. Четыре тысячи и более верст от Урала на восход солнца. Волга стала русской рекой. И Ливонские отчины, и Москва… А Елизавета — пошлая девка и т. д.». (См. А. Н. Толстой, Поли. собр. соч., т. 10, стр. 701.) Впоследствии Толстой отказался от этого замысла, перенеся акцент на события Ливонской войны и защиту национальной независимости русского государства.
Многократно варьировал драматург картину вторую («Палата в Опричном дворце, Земский собор»). Особенно серьезной переделке был подвергнут первоначальный текст беседы Грозного с литовским послом Воропаем и концовка картины, которую автор дополнил сценой примирения царя с его ярым врагом — новгородским митрополитом Пименом. В то же время, перерабатывая десятую картину (казни в Новгороде), автор сократил полную ненависти к царю речь Пимена, оставив из нее лишь несколько реплик.
В процессе работы не раз менялся и замысел финала. В одной из черновых рукописей сохранился эпизод у царского шатра, которым Толстой вначале хотел закончить дилогию:
«Иван идет к шатру. Из шатра выбегает Анна, простоволосая, в темном платье. Взглянула на зарево, всплеснула руками и опустилась у ног Ивана.
Анна.
Москва… Москва. Огонь. Огонь.Иван поднимает ее на руки, приближает ее лицо к своему.
Иван.
Зачем выбежала? Дитя неразумное… Поди ляг опять, укройся… Чего боишься? Я никуда не отойду… Я настороже… Анна, Аннушка… Открой глаза, покажи небо лазоревое…Голос сторожевого.
Не спи… Не спи… Не спи…» (См. А. Н. Толстой, Поли. собр. соч, т. 10, стр. 704.)В печатном тексте пьесы эта сцена отсутствует. Писатель исключил ее, чтобы показом личного счастья героев не снижать политического звучания финала.
Пьеса «Трудные годы», так же как «Орел и орлица», была впервые напечатана на правах рукописи («Искусство» М.—Л., 1943). Полностью драматическая повесть «Иван Грозный» опубликована в 11–12 книжке журнала «Октябрь» за 1943 год (вышла в свет в марте 1944 г.), причем при подготовке к следующему— отдельному изданию («Искусство», М. 1944) текст дилогии вновь подвергся некоторой переработке.