В ряде стран Европы, и в первую очередь в Германской империи, князья, рядовое дворянство и городские верхи стали захватывать имущество монастырей, соборов, церковных приходов и иных учреждений церкви. Некоторые церковные сановники, в том числе архиепископы, епископы и гроссмейстеры духовных орденов, порывали с католичеством и присваивали церковное имущество. В Германии в 1525 г. дело дошло до большого восстания крестьян и горожан (Великая крестьянская война), которые под флагом реформации пытались ниспровергнуть феодальный строй. Крестьянская война была задушена при активной помощи феодалов из числа сторонников реформации, и сам идейный вождь немецкого протестантизма Мартин Лютер призвал истреблять восставших крестьян всеми способами. Перейдя на службу к князьям, столь же реакционным, как и соперничавшие с ними прелаты, немецкий протестантизм быстро утрачивал свой вначале прогрессивный характер.
Католическая церковь не собиралась отказываться от своих старинных привилегий без боя. Католическое духовенство укрепило свои ряды, сплотилось вокруг римского папы и выработало новые приемы борьбы.
С середины XVI века начинается контрреформация - энергичное и ожесточенное наступление католической церкви во имя отвоевания утраченного влияния. Особые комиссии стали инспектировать духовенство, проверять монастыри, сурово наказывая нерадивых священников и монахов, подтягивая дисциплину, устраняя тех, кто особенно скомпрометировал себя в глазах верующих. (В расчет принималось, конечно, в первую очередь мнение господствующих слоев населения.)
В народ отправились красноречивые проповедники, прошедшие подготовку в специальных училищах. Для воздействия на умы простых людей повсеместно устраивались торжественные шествия, паломничества к святым местам. Резко усилилась охота за ведьмами: разжигая суеверный страх, церковь играла роль спасителя в глазах обманутых людей и терроризировала своих недоброжелателей.
Вюрцбургский епископ за два только года - 1627 и 1628 - истребил 9000 колдунов и колдуний. Протестанты не отставали от католиков. Бенедикт Карпцов, гордость Лейпцигского университета, прочитавший, как говорили, библию 53 раза, отправил на костер за свою долгую и благочестивую жизнь (1596-1666) 20000 ведьм. Обстоятельства благоприятствовали изуверам. Общественный переворот, переживаемый Западной Европой с конца XV в., разрушение старых привычных жизненных устоев, казавшееся для многих катастрофой,- все это способствовало распространению небывалого со времен крестовых походов религиозного фанатизма.
Идущие в авангарде католического наступления иезуиты сосредоточили свои усилия на работе среди высшей знати. Они создавали учебные заведения и проникали к владетельным князьям в качестве духовников. Показав себя искусными воспитателями и наставниками, иезуиты достигли больших успехов в пропаганде. В Европе того времени можно встретить много видных государственных и военных деятелей, происходивших из протестантских семей, но перешедших в католичество и сделавшихся, как это нередко бывает с новообращенными, фанатичными поборниками римской церкви.
Католическая церковь проявила большую гибкость и способность применяться к самой различной политической обстановке. Реакционное папство поддерживало феодальную реакцию в Италии, Польше, Нидерландах, Англии, Чехии и других странах. Одновременно реакционная католическая церковь из тактических соображений старалась использовать, например, национально-освободительную борьбу ирландского народа против английских колонизаторов, потому что Англия покончила на своей территории с привилегиями пап.
По таким же соображениям католическое духовенство поддерживало и национальное движение польского народа против вторгнувшихся в Польшу в середине XVII в. шведских захватчиков. В итоге католическая церковь пережила феодализм и сумела приспособиться к сменившему его буржуазному общественному строю. Император Карл V и его преемники видели в реформации потрясение общественного и государственного строя: вместе с единством церкви и веры рушилось и единство ветхой империи. Князья и дворяне, переходя в протестантскую веру, обогащались за счет церковного имущества и усиливали свою политическую мощь в ущерб императорской власти.
И все же значительная часть немецких князей поддержала императора в его борьбе против реформации. Одни из них, как например герцог Баварский, сумели получить от католической церкви почти все, чего протестантские князья добивались силой: подчинили себе католическое духовенство и добились для своих родственников видных постов в церковной иерархии. Другие считали католическую церковь опорой в борьбе против чересчур предприимчивых протестантских князей и против собственных мятежных подданных. Третьи просто боялись ввязываться в рискованную борьбу против папы и императора.