Безусловно, это повысило возможности прежде всего Антипатра. Первой его несомненной удачей была своевременная помощь преемнику Помпея Скавру, который необдуманно затеял поход против набатейского царя Ареты, не позаботившись о должном обеспечении своего войска продовольствием. Как пишет Иосиф, поход оказался тяжелым, к тому же страна была разорена самими римлянами настолько, что войско Скавра страдало от голода. Положение было бы совсем тупиковым, но проницательный политик и дипломат отец Ирода находит выход. Он за свой счёт обеспечивает римскую армию продовольствием и всем необходимым. Одновременно, используя свои связи с набатейским двором, он убеждает Арету прекратить военные действия, согласившись с формальным подчинением Риму и выплатив известную сумму в виде дани. При этом он из своих средств гарантировал выплату этой дани Аретой римлянам в размере 300 талантов. Тем самым война была прекращена и римляне формально могли провозгласить себя победителями.
Однако далеко не все были довольны укреплением позиций Антипатра и его семьи. У Аристобула и его сыновей оставалось достаточно сторонников, которые ждали удобного момента. Иосиф Флавий подробно описывает продолжавшуюся вплоть до 55 года до н.э. в Иудее ожесточенную партизанскую войну, которую с известным основанием можно назвать гражданской. Римские власти, несомненно, поддерживали одну сторону — Гиркана, точнее Антипатра, но странным образом действовали против Аристобула и его сыновей даже после военного разгрома их войск, очень осторожно и великодушно. Первое восстание поднял сын Аристобула Александр, которого Помпей вместе с Аристобулом и его семьёй приказал доставить в Рим для участия в триумфе. Александр, судя по его действиям, был похож своей энергией и мужеством, хотя и был неразумным, на отца. В течение короткого времени ему удалось собрать значительные силы (Иосиф называет 10 тыс. пехотинцев и 1500 всадников), укрепить крепости, в частности Александрион в центре страны и Махерон на границе с Аравией. Накопив достаточно сил, он даже попытался овладеть Иерусалимом, что «походило на то, что скоро Гиркан будет свергнут» (ИВ. С. 31). На помощь Гиркану и Антипатру против повстанцев выступил назначенный в 57 году до н.э. новый наместник провинции Сирии претор Габиний. Союзники разгромили войска Александра в сражении, и он заперся в крепости Александрион. После недолгой осады Александр сдался на милость победителя. Великодушие Габиния было настолько велико, что он обещал матери Александра отпустить из Рима находящихся там в плену других её детей. Ироду в это время было уже 16 лет, и можно не сомневаться, что именно тогда он получает первый боевой опыт в войсках своего отца. Вполне обоснованно предположение, что именно тогда он имел возможность познакомиться с римским офицером, будущим соправителем, а затем врагом Октавиана Августа 26-летним Марком Антонием. По словам Иосифа, «именно в этом сражении Марк Антоний проявил необыкновенное мужество; хоть и в прежних битвах он постоянно доказывал свою доблесть, но никогда не делал столь убедительно, как теперь» (ИВ. С. 31). Это боевое содружество помогло Ироду позднее, когда его товарищ по оружию Марк Антоний стал повелителем Востока, сломить силы которого смогла только египетская царица Клеопатра. Впрочем, эта же погубившая его любовная страсть побудила великого Шекспира обессмертить его имя в великой драме.
Габиний успокоил страну и способствовал восстановлению многих разрушенных междоусобной войной городов. Как пишет Иосиф, «люди охотно повиновались распоряжениям Габиния… Тогда можно было спокойно жить в тех городах, которые столь долго оставались пустыми» (ИД. Т. 2. С. 77). Поскольку эти города были в основном греческими, то можно полагать, что они были объектами нападений повстанцев.
Габиний подтвердил и укрепил власть Гиркана, прежде всего, его покровительство над Иерусалимским Храмом. Но при этом он разделил Иудею на пять частей, учредив в каждой из них свой синедрион, причём в Иерусалиме находился только один из них. Несомненно, это укрепило положение Антипатра, поскольку такое устройство подрывало авторитет прежней династии и усиливало власть других, подобных ему, местных правителей. Как отмечает Иосиф, «евреи же со своей стороны, были только довольны тем, что они будут избавлены от владычества одного человека и будут управляться аристократией» (ИВ. С. 32).