После распада Советского Союза Москва чрезвычайно озаботилась судьбой советских ядерных арсеналов. В Центральной Азии непосредственные опасения вызывал развернутый в Казахстане комплекс стратегических межконтинентальных баллистических ракет наземного базирования. Возникла пугающая перспектива, что Казахстан станет первой в мире «исламской ядерной державой». В тот период Россия при активной поддержке Соединенных Штатов работала над тем, чтобы поместить все элементы советских ядерных вооружений под свой контроль и на своей территории. К 1994 г., когда Казахстан, Украина и Белоруссия подписали Лиссабонский протокол, зафиксировавший обязательство остаться неядерными государствами, проблема была решена.
В середине 1990-х гг. возникло серьезное опасение, что специалисты по ядерному оружию и расщепляющиеся материалы из Казахстана и других центральноазиатских государств могут как-нибудь попасть в мечтающие о ядерном оружии страны Азии и Среднего Востока, особенно в Иран и Северную Корею. Москва мало что могла сделать для предотвращения этого, и ей оставалось только наблюдать со стороны за американскими операциями, такими как «Топаз», целью которой была скупка расщепляющихся материалов, чтобы сделать их недоступными для вызывающих отвращение режимов. Позднее, хотя и в менее острой форме, возникали опасения в связи с урановыми рудниками Таджикистана.
В настоящее время, однако, ядерные тревоги России связаны с непосредственными соседями Центральной Азии. Москва очень встревожилась, когда в 1998 г. Пакистан стал ядерной державой. В отличие от Индии, которая всегда воспринималась Россией как страна, не угрожающая ее безопасности, у Пакистана давняя история неприязненных отношений с Москвой. В частности, Пакистан был одним из основателей блока Организация Центрального договора (CENTO) и базой американских самолетов-шпионов, которые до 1960 г. постоянно летали над территорией СССР. В 1980-х гг., во время афганской войны, на территории Пакистана размещались базы снабжения и тренировочные лагеря афганских моджахедов. Наконец, в 1990-х гг. Исламабад поддержал фундаменталистский режим Талибана, который захватил власть в Афганистане, что нашло свое отражение в деятельности чеченских боевиков и воинственных исламистов в Центральной Азии. Так что, когда военные в Пакистане в 1999 г. свергли гражданское правительство, Сергей Иванов (тогдашний секретарь Совета безопасности РФ) публично выразил тревогу в связи с появлением «хунты с ядерными ракетами». Только после 11 сентября 2001 г. и последующего потепления в российско-пакистанских отношениях Москва перестала публично выражать опасения по поводу ядерного арсенала Пакистана.