Главный их интерес состоял в другом. Вскоре, например, для Церкви будут взборонены Богемия и Польша, оказавшиеся благодатной почвой для протестантизма. А спустя несколько лет сеть иезуитских миссий, как в прошлом общины тамплиеров и госпитальеров, охватит весь мир. Они расширят свое влияние на запад – через Атлантический океан – до Южной и Северной Америки, на восток до Индии, Китая, Японии и островов Тихого океана. В пределах же европейских владений иезуиты являлись орудием обновления инквизиции – ее организации, внешнего облика, названия и целей. К 1540 году, когда папа Павел III официально учредил орден иезуитов, окончилось «вавилонское пленение» в Авиньоне, а с ним завершилась и «Великая схизма», которая расколола Церковь более чем на столетие. Спустя пять лет Тридентский собор сформулировал программу, которая будет определять статус папы, административный аппарат, ориентацию и иерархию приоритетов в последующие три с четвертью столетия. И для вновь объединившейся Церкви первостепенной заботой неизбежно был крестовый поход против ереси протестантизма. В качестве прелюдии к собору в Триденте папа Павел произвел радикальное реформирование папского правительства и администрации. Для управления различными делами Церкви был создан целый ряд отдельных канцелярий или служб. Все эти службы ставились под непосредственный контроль папы и именовались как «конгрегации» и «советы». Инквизиция теперь становилась одной из таких «конгрегации». Лойола, который сам пострадал от рук испанской инквизиции, вероятно, не питал к ней особой любви, но его восхищала ее дисциплина, ее действенность, отлаженный механизм ее работы. В немалой степени с подачи иезуитов прежняя папская или римская инквизиция была реконструирована – и сделано это было именно по модели ее испанского аналога. Точно так же как испанская инквизиция служила инструментом политики испанских королей, папская – или римская – инквизиция сделается инструментом политики Церкви. Другими словами, ее главным приоритетом будет полагаться больше не «чистота» веры, а стабильность и благополучие папства и Церкви. Ее официальным названием будет являться отныне «Священная конгрегация римской и вселенской инквизиции, или Священная канцелярия». В 1908 году ее название снова будет изменено и трансформируется в «Конгрегацию Священной канцелярии».
Большинство комментаторов впоследствии чаще обычного пользовались сокращенной формой – просто «Священная канцелярия». Редкий случай, чтобы столь безобидное, даже как будто бы похвальное название приобретало столь зловещие ассоциации. В целях очищения от этих ассоциаций и придания еще более благовидного облика инквизиция была еще раз переименована в 1965 году, теперь в «Конгрегацию доктрины веры». Под этим названием она действует и сегодня, являясь прямым потомком и преемником первоначальной инквизиции, созданной в 1234 и реконструированной в 1542 году. Лойола и иезуиты были одним из главных факторов влияния при создании обновленной инквизиции, или Священной канцелярии. Не меньшее влияние оказал честолюбивый и фанатичный доминиканец Джованни Караффа. В период между 1515 и 1522 годами Караффа состоял папским нунцием в Испании, где его, как и Лойолу, поразила эффективность машины испанской инквизиции. По возвращении в Италию он стал лидером благочестивого кружка из высокопоставленных священнослужителей, одержимых идеей восстановления чистоты и моральных устоев Церкви. Одним из средств достижения этого для Караффы и одновременного привлечения к себе внимания была кампания против фрески Микеланджело с изображением Страшного суда в Сикстинской капелле. Когда фреска была открыта для обозрения публикой в 1541 году, Караффа и его кружок подняли шум. Они были возмущены откровенным фаллическим символизмом Микеланджело, изображенной им сценой, в которой одного мужчину тащат за гениталии, а другие целуются, и с гневом осудили произведение как непристойное. Их негодованию скоро вторили коллеги-единомышленники, и критика не умолкала в течение ближайших двадцати четырех лет.