В 1551 году, например, видный доминиканец писал, что Микеланджело «превосходно изображает обнаженные тела людей и их половые органы», и посетовал, что «совершенно неприлично повсеместно видеть всю эту наготу – на алтарях и в храмах Божьих». В конце концов Тридентский собор постановил, что на фреске надлежит сделать «исправления». В 1565 году для этой цели был специально нанят художник, который благопристойно облек все оскорбляющие взор выпуклости набедренными повязками и одеяниями. До сих пор сохранилась расписка, удостоверяющая в том, что он получил за свои старания «причитающуюся сумму в 60 скудо… в оплату работы, которую выполнил в 1565 году, прикрыв половые органы фигур в капелле папы Сикста». К тому времени сам Караффа был уже мертв. Но его нападки на фреску в 1541 году вызвали сочувственный интерес папы Павла III, который произвел Караффу и пятерых других членов его кружка в кардиналы. В конце концов в 1555 году Караффа и сам стал папой; он взял имя Павел IV и занимал Престол Святого Петра вплоть до своей смерти в 1559 году.
Поддержанный Лойолой и доминиканским кардиналом, архиепископом Бургоса, Караффа, снискав расположение папы Павла III, стал настаивать на учреждении постоянного трибунала инквизиции по модели инквизиционного трибунала в Испании. Потому-то в 1542 году была создана Священная канцелярия. Караффа был назначен первым инквизитором-генералом реконструированного института. Папа зарезервировал за собой право помилования. Не считая этого, новой папской инквизиции, или Священной канцелярии, была дана практически неограниченная власть, включая право делегировать полномочия другим священнослужителям и в случае необходимости прибегать к помощи светских властей. Сразу же после получения своего назначения Караффа завладел солидным каменным домом в Риме и оборудовал его тюремными камерами. Затем он издал четыре процессуальных правила, которых должны были придерживаться все инквизиторы. Им надлежало «наказывать даже по подозрению». Им надлежало «не щадить великих». Им надлежало быть суровыми со всяким, кто «прикрывается властью». И им надлежало «никому не давать пощады, тем паче кальвинистам». По поводу этих предписаний в частных разговорах Караффа особо подчеркивал необходимость наносить удары по людям на высоких постах, «ибо… от их наказания зависит спасение подчиненных им классов». Разумеется, ему не было надобности говорить, что подобное наступление на влиятельных особ эффективно нейтрализовывало любых его потенциальных соперников или претендентов на власть. Затем последовали чистки, ставшие прообразом тех чисток, которые проводились уже в наше время Гитлером, Сталиным и другими более мелкими тиранами того же пошиба. По словам одного историка, вся Италия «была парализована». Глава ордена капуцинов бежал в Женеву. Другие видные деятели, как светские, так и церковные, искали убежища в других местах. В 1546 году был распущен весь университет в Модене. Однако Караффу по-прежнему раздражала готовность папы миловать и то, в какой степени это подрывало способность Священной канцелярии проводить свой террор. Только став папой в 1555 году, Караффа наконец получил столь долгожданную лицензию на полную свободу действий. Чтобы сполна ею воспользоваться, он передал свои инквизиторские полномочия своей правой руке – доминиканцу Микеле Гислиери. В 1557 году Гислиери был назначен кардиналом, а год спустя – великим инквизитором. Впоследствии, в 1566 году, Гислиери тоже в свою очередь станет папой под именем Пия V. Едва Караффа взошел на Престол Святого Петра, как началось самое настоящее царство террора. В 1556 году в Анконе были сожжены двенадцать обращенных евреев, – видимо, их обращение сочли недостаточно полным. В 1557 году в тюрьму был заключен кардинал. В том же году немалое число венецианцев было обвинено в ереси, их доставили в Рим и отправили на костер. Когда Караффа умер в 1559 году, он пользовался такой ненавистью у жителей Рима, что городской люд взял приступом помещения Священной канцелярии, разрушил здания, разграбил и сжег все записи. Невзирая на это, однако, Священная канцелярия продолжила свою деятельность. В 1562 году в жестокой бойне в Южной Италии лишились жизни примерно 2 тысячи вальденсов. В 1567 году был обезглавлен видный флорентийский гуманист. В 1570 году в Сиене был казнен с помощью гаротты профессор риторики. В 1573 году Священная канцелярия взялась «изучать» картину Веронезе «Пир в доме Левия», и для допроса на трибунал был вызван сам Веронезе. Он избежал наказания, но получил предписание изменить картину за свой собственный счет.