Такой оборот событий позволил «пурос», обосновавшимся в Веракрусе, в согласии с конституцией 1857 г. провозгласить своего лидера — вице-президента Бенито Хуареса законным президентом Мексики. Гражданская война между реакционным блоком, захватившим власть в столице, и законным правительством во главе с Хуаресом в Веракрусе, продолжалась три года и носила чрезвычайно жестокий и беспощадный характер. Клерикалы объявили «священную войну» либералам. Сулоага отменил все антиклерикальное законодательство, принятое в период правительства Комонфорта, перечеркнул конституцию 1857 г., восстановил «фуэрос», приказал вернуть церкви проданное имущество. Его солдаты украшали себя крестами и церковными медалями, шли в бой, распевая церковные гимны, потрясая хоругвями с изображениями святых. Сулоага обратился с верноподданническим посланием к Пию IX, который поспешил послать ему свое благословение и выразить удовлетворение отменой «нечестивого» законодательства либералов. И все же Сулоага не смог вернуть церкви все «отнятое» у нее имущество. Значительная его часть оказалась, как уже было сказано, в руках иностранцев, которые при поддержке своих посольств и консульств отказались подчиниться указам Сулоаги. Попытки наложить на иностранцев контрибуцию тоже не имели успеха. В конце концов клерикалы были вынуждены убрать его, и'30 декабря 1858 г. их правительство возглавил генерал Мирамон. Он также подтвердил церковные и военные «фуэрос», но, как и его предшественник, «разжиться» деньгами па дальнейшее ведение войны против либералов не смог. Понимая, что только своими силами они не в состоянии одержать победу над правительством Хуареса, пребывавшим в Веракрусе, ведущие деятели олигархо-церковного лагеря стали подумывать о превращении Мексики в колонию одной из великих европейских держав под видом учреждения монархии во главе с каким-либо европейским принцем.
Между тем правительство Хуареса в Веракрусе продолжало энергичную антиклерикальную законодательную деятельность. Изданные им законы провозглашали отделение церкви от государства, национализацию без выкупа церковной собственности и запрещение впредь иметь ее, распускали монашеские ордена и прочие церковные конгрегации. Были резко сокращены церковные праздники, произведения искусства и книги, принадлежащие монастырям, переданы в государственные музеи и библиотеки, прерваны дипломатические отношения с папским престолом, запрещены религиозные акты вне церковных зданий, колокольный звон разрешался только с согласия полицейских властей, правительственным чиновникам запрещалось участвовать в религиозных мероприятиях или оказывать им содействие. Все эти законы принимались именем «бога, свободы и реформы», что являлось официальным девизом правительства Хуареса.
7 декабря 1858 г. правительство обязало церковь выдать ему заем в 2,5 млн. песо, т. е. на ту же сумму, которая была ранее предоставлена церковниками Сулоаге42
.7 июля 1859 г. Хуарес и его министры Мельчор Окампо, Мануэль Руис и Мануэль Лердо де Техада обратились к мексиканцам с манифестом, в котором заявили о своей решимости довести до конца отделение церкви от государства, с тем чтобы «окончательно завершить кровавую и братоубийственную войну, которую часть духовенства так долго разжигала единственно с целью сохранения своих интересов и привилегий, скандально используя свое влияние, вытекающее из принадлежащего ей богатства и религиозных функций». Антиклерикальное законодательство позволит, утверждали авторы манифеста, немедленно лишить духовенство средств, на которые опирается их вредная власть43
.12 июня 1859 г. был издан декрет о конфискации церковного имущества, в котором указывалось, что главной причиной гражданской войны в Мексике, начатой и поддерживаемой духовенством, является его желание быть независимым от гражданской власти. В декрете говорилось, что государство не может оставлять в руках своих заклятых врагов средства, которыми они так тяжко злоупотребляют, и что крайне необходимо принять все меры, способные спасти положение и общество.
Декрет передавал в распоряжение нации все имущество, которым под различными названиями владело белое и монастырское духовенство. Декрет разрешал духовенству получать вознаграждение за совершение обряда таинств и исполнение других функций своей службы. Однако ни пожертвования, ни вознаграждения не могут быть сделаны в форме земельных угодий.
Декрет упразднил все существующие в республике монашеские ордены, каковы бы ни были их названия и деятельность, так же как и все братства конгрегации и общества, примыкающие к религиозным общинам, кафедральным соборам, церковным приходам и каким бы то ни было церквам. Запрещалось основание новых монастырей, корпораций, обществ, конгрегаций и религиозных братств под любыми формой и названием.
Книги, печатные издания, рукописи, картины, памятники древности и другие предметы, принадлежащие упраздненным религиозным общинам, передавались музеям, учебным заведениям, библиотекам и т. д.