Цезарь отправляет на отдых своих ветеранов, и Марк Антоний отводит их в Италию. Сам же Цезарь пускается в погоню за Помпеем, который 10 августа прибывает в Амфиполь, а затем в Митилены, где его супруга Корнелия и второй сын Секст садятся вместе с ним на корабль. Помпей плывет вдоль берегов Азии вплоть до Атталии (Attalia, ныне Адалия) и мечтает укрыться в Египте, где правит его верный союзник тринадцатилетний Птолемей XIV. Помпей достигает берегов Египта 28 сентября (16 августа) 48 года. Он останавливается неподалеку от Пелузия, потому что Египет раздирает гражданская война: сестра царя Клеопатра изгнана в результате дворцовых интриг евнуха Потина и надеется вернуться в Александрию, чтобы противостоять ему. Малолетний царь и его двор обосновались на соседнем с Пелузием мысе Казион. Помпей попросил у них убежища, а двор, боясь не угодить Цезарю, решил убить Помпея. Стратег Ахилла вышел навстречу ему на рыбачьей лодке, где он и был убит одним из офицеров римского оккупационного корпуса на глазах у Корнелии, которая издали наблюдала это подлое и предательское убийство. Перенеся тело Помпея на берег, его обезглавили: так что кровь Помпея не обагрила рук Цезаря, которому вполне удастся роль мстителя. У Геллеспонта Цезарь погрузился на корабли вместе с VI легионом, по пути делал остановки в Илионе, Эфесе, на Родосе и, получив предупреждение о том, что Помпей отправился на Кипр, устремился в Александрию, в гавань которой вошел 20 октября (19 августа). Там он узнал о смерти Помпея, зарыдал, увидев его кольцо и голову, в отсутствие Птолемея XIV расположился в царском дворце и сразу стал вести себя как хозяин Египта: чтобы укрепить свою власть, он призвал два азиатских легиона, изъяв их из армии наместника Азии Домиция Кальвина326
.Как только Птолемей XIV вернулся из Пелузия, Цезарь показал ему свою власть. Он потребовал возвращения долгов Птолемея Авлета, обязал царя распустить находящуюся на Казионе армию и решил единолично рассудить вопрос о его ссоре с сестрой. Он предложил ей вернуться в Александрию, хотя бы даже для этого пришлось завернуться в походное покрывало, чтобы тайно проникнуть во дворец. Еще до того, как он воспылал хорошо рассчитанной страстью к царице Египта, Цезарь получил предлог для вмешательства в дела Египетского царства. Он вернул царский престол Птолемею XIV и Клеопатре в соответствии с завещанием Авлета и поручил Кипр заботам младших членов царской семьи — Арсиное и Птолемею XV (начало сентября 48 г.) ценой отъединения этого острова от Римской державы.
Подобные уступки вовсе не успокоили гнев александрийцев, разжигаемый евнухом Потином, который велел стратегу Ахилле двинуться вместе с царской армией на Александрию: Александрийская война (Bellum Alexandrinum) началась в конце октября (середине сентября) и участвовавшие в ней силы не были равны. Ахилла располагал двадцатью двумя тысячами солдат и двумя тысячами всадников. У Цезаря было всего шесть тысяч солдат, и он должен был также считаться с враждебностью полумиллиона александрийцев, которая на данном этапе не позволяла ему перейти в наступление. Ему пришлось затвориться во дворце и театре, превращенных им в неприступную крепость. Он сжег царский флот, и пожар распространился на Библиотеку, в которой дотла сгорело 40 тысяч томов. Тогда он занял островок Фарос и таким образом установил контроль над Александрией с суши и с моря.