В марте 1963 года генерал Идигорас, избранный в 1958 году на шестилетний срок, был свергнут в результате переворота полковником Энрике Перальтой Асурдиа (Enrique Peralta Azurdia). Известный латиноамериканский корреспондент Джорджи Энн Джейер (Georgie Anne Geyer) позже сообщила: «Высокопоставленные источники в правительстве Кеннеди раскрыли информацию отом, что США спровоцировали и поддержали переворот 1963 года». Судьба Идигораса, очевидно, была предопределена, поскольку он уже находился в немилости у Вашингтона из-за нескольких инцидентов: например, когда он позволил вернуться в Гватемалу Хуану Хосе Аревало (Juan Jose Arevalo), который возглавлял реформаторское правительство до Арбенса и у которого все еще имелись сильные сторонники. Идигорас планировал уйти в 1964 году, таким образом оставляя дверь открытой для проведения выборов. Однако Вашингтон вместе с президентом Кеннеди лично, как и гватемальская армия, полагали, что свободные выборы восстановят власть Аревало в правительстве, склонном ктем же реформам и независимой внешней политике, из-за которых Соединенные Штаты свергли Арбенса [6]. Аревало был автором книги под названием «Акула и сардины», в которой он изобразил США пытающимися доминировать над Латинской Америкой. Хотя он также публично назвал Кастро «опасностью и угрозой для континента» [7].
Весь курс правительства Перальты характеризовался одним из его первых действий: убийством восьми лидеров политического союза и профсоюза – их раздавили грузовиками, нагруженными камнями [8]. Режим Перальты был репрессивным и зверским на протяжении всех его трех лет у власти. Однако американские военные советники считали, что правительство и гватемальская армия все еще не оценили в полной мере угрозу, которую представляли собой партизаны, и все еще не были готовы к методам ведения нетрадиционной войны. Аэти методы, систематически применяемые, должны были истребить партизан раз и навсегда. Тем не менее, несмотря на американские убеждения, армия редко совершала набеги в горы.
К тому же Перальта оказался в некоторой степени националистом: ему не нравилось чрезмерное влияние Соединенных Штатов в Гватемале, особенно в его собственной сфере – вооруженных силах. Он отклонил настойчивые предложения американских «зеленых беретов» обучаться партизанской войне для борьбы с повстанцами. Предпочитая полагаться на своих людей, он сократил число гватемальских офицеров, которым было разрешено участвовать в американских программах обучения за границей.
Это привело к тому, что Соединенные Штаты на выборах в марте 1966 года оказали четкую и мощную поддержку гражданскому лицу, некоему Хулио Сесару Мендесу Монтенегро (Julio Cesar Mendez Montenegro). Мендес победил в том, что считалось выборами в Гватемале, и предоставил американцам свободу действий, которую они так ждали. Он также сослужил еще одну службу Соединенным Штатам: администрация президента Джонсона могла указывать на Мендеса как на гражданское лицо и человека с подлинно либеральным образованием в ответ критикам у себя дома, которые беспокоились о правах человека.
Однако, вне зависимости от своего социального сознания, Хулио Сесар Мендес стал в значительной степени пленником гватемальской армии, и его правительство далеко превзошло Перальту по своей жестокости. Но все-таки армия не доверяла этому бывшему преподавателю юридической школы – в условиях специфической атмосферы Гватемалы некоторые военные даже считали его коммунистом, и Соединенные Штаты, по крайней мере дважды, вынуждены были вмешаться, чтобы предотвратить попытку переворота, направленного на свержение Мендеса.
Не прошло и нескольких дней после того, как в июле Мендес занял свой пост, а американский полковник Джон Уэббер (John D. Webber, Jr.) прибыл в Гватемалу, чтобы принять управление американской военной миссией. Журнал «Тайм» позже описал его роль так: