Наконец новому президенту все-таки втолковали, что поручить самим техасским властям расследование дела об убийстве президента Кеннеди означало бы заранее навлечь на них подозрение в попытке обелить себя. Через четыре дня после похорон заместители министра юстиции Катценбах и Кокс посетили председателя Верховного суда США Уоррена и обратились к нему с настоятельной просьбой возглавить Федеральную комиссию. Уоррен наотрез отказался. Он напомнил, что неоднократно осуждал исполнение членами суда каких-либо иных функций, отвлекавших их от выполнения своих прямых обязанностей, и в качестве выхода предложил обратиться к одному из двух ушедших на пенсию судей. Посетители поспешно откланялись и уведомили Белый дом о постигшей их неудаче. Однако именно в таких ситуациях Джонсон чувствовал себя, словно рыба в воде. Едва верховный судья успел отказаться, как на его столе зазвонил телефон. Президент просил его незамедлительно приехать. Далее, по описанию Уоррена, события развивались следующим образом:
«Вначале меня встретил Банди. Он проводил меня в кабинет, и президент сказал мне, что дело приобрело очень серьезный оборот. Он сказал, что распространяются самые дикие слухи и что следует все время помнить о международном положении. Он сказал, что только что беседовал с Раском и тот высказал крайнюю озабоченность. Он упомянул также об информации председателя Комиссии по атомной энергии о том, сколько миллионов людей могут погибнуть, если возникнет атомная война. Единственное, что позволит пресечь эти слухи, сказал он, это создание независимой и ответственной комиссии расследования. Эту комиссию может возглавить лишь человек, занимающий самый высокий пост в судебной иерархии государства. Я высказал ему свое мнение на этот счет. Он сказал, что если общественное мнение будет враждебно настроено против Кубы и Советского Союза, то это может привести к войне.
— Вам пришлось уже однажды носить военную форму, — сказал он, — и если бы я попросил вас об этом, то вы вновь надели бы форму во имя интересов вашей страны.
— Конечно, — ответил я.
— Сейчас я прошу вас оказать гораздо более важную услугу, — сказал он.
— Если вы ставите вопрос таким образом, — сказал я, — мне остается только согласиться».
В тот же вечер Джонсон подписал распоряжение о назначении еще шести членов комиссии. Им поручалось изучить все материалы ФБР, вести самостоятельное расследование и дать заключение «по всем фактам и обстоятельствам», связанным с убийством Кеннеди, «в том числе касательно последующей насильственной смерти человека, подозреваемого в убийстве президента».
Назначение президентом в состав комиссии известных людей было сделано с целью произвести впечатление на общественное мнение страны, что полностью соответствовало традиции создания таких органов. Настоящую работу выполняли главный юрисконсульт комиссии и его четырнадцать помощников. Среди них самую активную деятельность развили наиболее молодые юристы. За шесть месяцев 94 свидетеля были вызваны на заседания комиссии с участием одного или более ее членов. Отдельные сотрудники аппарата комиссии успели опросить за это же время 395 человек. Письменные показания, данные под присягой, были получены от 61 человека и двое — президент и его супруга — свои свидетельства прислали в письменной форме. 24 сентября 1964 года полный текст доклада комиссии Уоррена был представлен президенту и опубликован.