В то время как в континентальных университетах преобладали доминиканцы, в Оксфорде было сильно влияние францисканского ордена, основанного в начале XIII в. У его колыбели стоял богослов полуеретического направления Франциск Ассизский (1181/2—1226). Этот нищенствующий орден, членов которого иногда именовали также миноритами, усилиями папы Григория IX был окончательно превращен в контролируемую церковью иерархически построенную организацию. С 1256 г. францисканцы получили право преподавания в университетах. К концу XIII в. достигла сильного развития внутренняя борьба между двумя течениями во францисканском ордене — спиритуалами и конвентуалами, стоящими на более близких к ортодоксальной церкви позициях.
В 1313—1314 гг. Оккам вступил в ряды ордена миноритов, примкнув к радикальному направлению спиритуалов, «ересь» которых он защищал, однако, не с платформы мистики, а с позиций преклонения перед рациональным познанием. К 1323 г. относится обострение конфликта Оккама с канцлером Оксфордского университета Иоанном Люттереллом, обвинившим его в теологическом скептицизме и в ереси и сообщившим об этом Иоанну XXII. В конце 1324 г. Оккама препровождают в Авиньон (25, 1) — тогдашнюю резиденцию папы, где он должен был дать объяснения по обвинениям Люттерелла. Почти четыре года в ожидании суда Оккам провел под стражей в монастырской тюрьме города.
Комиссия магистров в составе шести человек (в нее кроме Люттерелла входило три доминиканца и два августинца) приступила к систематическому обследованию трудов обвиняемого. Таким образом, один из членов комиссии был уверен в справедливости обвинения еще до начала «расследования». Фиговый листок объективности маскировал заранее запланированную расправу.
Параллельно (и, по-видимому, в контакте с комиссией) делом Оккама занимался также комитет кардинала. Английский король 12 мая 1325 г., до истечения срока судебного разбирательства, отзывает главного свидетеля обвинения Люттерелла, однако помешать начавшемуся процессу не удалось. К концу 1325 г. члены комиссии закончили «освидетельствование» Оккамовых «Комментариев к „Сентенциям“ Петра Ломбардского» (экземпляр этого труда Оккама в начале 1325 г. был послан Люттереллом папе). Итог был неутешительным для Оккама. Магистры обратили специальное внимание на 51 тезис из числа содержащихся в работе положений, причем 29 были признаны явно еретическими. Сюда зачислялись комментарии мыслителя по проблемам милосердия и греха, познания у бога, причастия, безупречности поведения Христа, свойств божества и святой троицы и, наконец, теории идей, в которой комиссия не без основания учуяла скептический и номиналистический привкус. Остальные 22 тезиса были квалифицированы просто как ошибочные, а несколько — как не представляющие никакой значимости. В числе обвинений, так же как и в первоначальном доносе Люттерелла, нет еще указаний на разделявшуюся Оккамом доктрину об апостольской бедности. Позже Оккам писал, что он стал ее приверженцем лишь к последнему году своего пребывания в Авиньоне.
Размах процесса заставляет прийти к выводу, что речь шла не просто о политическом преследовании провинциальных миноритов, а о попытке папства идеологически разоружить оппозиционно настроенных «левых» францисканцев, в число видных теоретиков которых выдвигался Оккам. Вместе с Оккамом под папским арестом томились также генерал францисканского ордена Михаил Чезенский и известный юрист Бонаграций. Еще в 1323 г. на съезде в Перуджии францисканцы заявили резкий протест против злоупотреблений папской полиции. Кульминационный пункт в развитии папско-миноритского конфликта К. Маркс характеризует так: «После же того как папа сместил
26 мая 1328 г. Оккам вместе с Михаилом Чезенским и Бонагранием под покровом ночи бегут из папской тюрьмы. На лошадях они добираются до побережья, а в открытом море их уже поджидает галера. Они стремятся добраться до Пизы и соединиться с армией императора Людвига Баварского, выступившей против папских войск в Италии. 6 июня Оккама и его друзей отлучают от церкви. Согласно «Хронике» Николая Минорита, Оккам и его спутники морем 9 июня 1328 г. прибывают в Геную (58, 116), а оттуда добираются до Пизы. 11 апреля 1329 г. они покидают Пизу, а 6 декабря едут в Парму. Здесь по случаю религиозного праздника св. Николая Михаил Чезенский выступил с проповедью, в которой назвал папу Иоанна XXII «стяжателем», «олухом» и «поджигателем войны», а также обвинил его и в других отклонениях от требований христианской морали. Эта речь была красноречивым ответом на объявление папой 16 ноября 1329 г. доктрины Михаила Мезенского антикатолической.