Согласно этим документам, штрафные батальоны имели целью «…дать возможность лицам среднего и старшего командования, политического и начальствующего состава всех родов войск, провинившихся в нарушении дисциплины по трусости или неустойчивости, кровью искупить свои преступления перед Родиной отважной борьбой с врагом на более трудном участке боевых действий».
Военнослужащие штрафных батальонов действующей армии подразделялись на постоянный (кадровый) и переменный (осужденные военнослужащие) составы.
К постоянному составу относилось командование батальона, офицеры штаба и управления, командиры рот, взводов, политические руководители рот и взводов, старшины, писари и санинструкторы рот.
На эти должности рекомендовалось назначать дисциплинированных, волевых командиров и политработников. Командир и военный комиссар штрафного батальона по отношению к своим подчиненным пользовались полнотой дисциплинарной власти соответствующих должностных лиц дивизии; заместители командира и военного комиссара батальона – соответствующих должностных лиц полка; командиры и военные комиссары рот – властью соответствующих должностных лиц батальона; командиры и политические руководители взводов – властью соответствующих должностных лиц в ротах. Командный и политический состав штрафбата имел право применять к подчиненному личному составу все меры воздействия вплоть до расстрела на месте, особенно за неисполнения приказа, членовредительство, побег с поля боя или попытку перехода к врагу.
Постановление ГКО № 929 от 20 ноября 1941 г. установило с 22 июня 1941 г. для лиц начальствующего состава строевых частей и соединений действующей армии (до корпуса включительно) сокращенные сроки выслуги в воинских званиях. Для младшего лейтенанта, лейтенанта и младшего политрука срок составлял два месяца; для старшего лейтенанта и политрука – три месяца; для капитана и старшего политрука – три месяца; для майора и батальонного комиссара – четыре месяца; для подполковника и старшего батальонного комиссара – пять месяцев. В штрафных же батальонах было по-другому. Месяц службы для постоянного и начальствующего состава в штрафном батальоне приравнивался к шести месяцам службы в мирное время, а денежное содержание выплачивалось с надбавкой 20–25 % от должностного оклада за особые условия прохождения военной службы.
К переменному составу относились осужденные военнослужащие. Ими могли стать лица младшего, среднего и старшего командного, политического и начальствующего состава Красной Армии, Флота, внутренних и пограничных войск НКВД, допустившие при прохождении воинской службы трусость, неустойчивость или иные правонарушения либо преступления. В соответствии с приказом командира дивизии или бригады (по корпусу – в отношении личного состава корпусных частей; по армии и фронту – соответственно в отношении частей армейского и фронтового подчинения) они направлялись в штрафные батальоны на срок один-три месяца. Командиры и комиссары батальонов и полков могли быть направлены в штрафбат только по приговору военного трибунала фронта.
В штрафные батальоны на те же сроки могли направляться по приговору военных трибуналов (тыловых и действующей армии) лица командного, политического и начальствующего состава, а также рядовые, осужденные с применением отсрочки исполнения приговора. О лицах, направленных в штрафной батальон, немедленно доносилось по команде с уведомлением Военного совета фронта с приложением копии приказа или приговора.
Перед направлением в штрафной батальон штрафника ставили перед строем его части (подразделения), после чего зачитывался приказ по дивизии или бригаде (корпусу, армии или войскам фронта соответственно), в котором разъяснялась сущность совершенного преступления. Офицеры, направлявшиеся в штрафной батальон, подлежали разжалованию в рядовые; государственные награды у них отбирались и на время пребывания их владельца в штрафном батальоне передавались на хранение в отдел кадров фронта. Штрафникам выдавалась красноармейская книжка специального образца, которая ограничивала право перемещения зоной ответственности их войсковой части.
При необходимости штрафники могли назначаться на должность младшего командного состава с присвоением званий ефрейтора, младшего сержанта и сержанта. В период пребывания военнослужащего в штрафной части прекращалась выплата денег его семье по денежному аттестату командного и начальствующего состава, выплачивалось лишь пособие, установленное указами Президиума ВС СССР от 26 июня 1941 г. и от 19 июля 1942 г. для семей красноармейцев и младших командиров.