Факультеты, которые стали основными структурными подразделениями университетов, возглавляли деканы, обычно из числа профессоров с высокой репутацией, которые на условиях совместительства и на временной основе брали на себя руководство факультетом. На позиции декана ротировались ведущие профессора, типичным сроком пребываний в этой должности было четыре года. При этом деканы продолжали вести научно-преподавательскую деятельность, которая оставалась их первейшей задачей, тогда как административные функции были лишь дополнительной нагрузкой. Руководителем университета являлся ректор (от
Университеты стали в основном локальными образовательными центрами, привлекая студентов из ближайших мест. Обмены студентов между университетами стали явлением из ряда вон выходящим; дипломы других университетов не признавались, и студенту, захотевшему продолжить обучение в ином университете, приходилось обзаводиться массой разрешений и подтверждать уже изученные дисциплины. К тому же финансирование такого студенческого обмена не предоставлялось или предоставлялось в минимальном размере. В свою очередь преподаватели зачастую пожизненно делали карьеру в университете, который сами окончили, либо если и меняли университет, чтобы получить докторскую степень, то только в пределах своей страны. Случаи международного обмена преподавателями были крайне редки, хотя и допускались краткосрочные визиты зарубежных профессоров. Преподаватели, живущие в разных странах, общались через печатные периодические научные издания или посредством переписки. Иногда переписка могла носить и довольно интенсивный характер – конечно, при условии, что им не мешал языковой барьер.
Ввиду регионализации университетов конкуренция между ними была незначительной; преобладал дух коллегиальности, характерный для средних веков.