Трагическое время после 1917 года привело к полной утрате памятных и знаковых мест. Но здесь следует привести имя Николая Алексеевича Ильина, который поднял вопрос о сохранении могилы адмирала в 1940 году. Уроженец Темникова, учитель физики, математики и астрономии, неоднократно бывавший в Санаксарском монастыре, написал письмо писателю А. С. Новикову-Прибою, в котором описал состояние могилы Ушакова: «Могила адмирала Ушакова Ф. Ф. забыта. Мраморный памятник повален, и около него колют дрова. Памятник поверженный, валяется среди мусора, где сейчас стоянка лошадей… Часть надписей отколота. Никто из преподавателей школы комбайнеров и пионерского лагеря, находящегося на территории этого монастыря, не счел нужным обратить внимание на могилу славного героя-патриота Родины». 9 августа 1940 года Новиков-Прибой ответил Ильину, что по затронутому вопросу он обратился в Военно-морской музей в Ленинграде и выразил надежду, что «инициатива не пропадет даром и теперь на восстановление памятника герою и патриоту адмиралу Ушакову обратят внимание…».
Уже в сентябре 1940 года пришло письмо из Центрального Военно-морского музея. Н. А. Ильина благодарили за внимательное отношение к памятнику и попросили сообщить о том, как пойдет его ремонт. К письму было приложено обращение музея в Управление по делам искусств при СНК Мордовской АССР и к председателю исполкома г. Саранска, содержащее подробное описание заслуг Ф. Ф. Ушакова и просьбу музея отреставрировать памятник на его могиле. Это был первый шаг к сохранению памяти о славном сыне Отечества в Республике Мордовия. Но Н. А. Ильину не удалось дожить до исполнения своего прошения. 26 декабря 1942 года он погиб в Воронежской области при обороне Сторожевского плацдарма на правом берегу Дона, который историки считают правым флангом Сталинградской битвы.
К почитанию адмирала Ушакова вернулись в период Великой Отечественной войны. Впервые о русских полководцах Сталин упомянул в своей речи во время парада на Красной площади в Москве 7 ноября 1941 года. Он говорил о мужестве русских предков – Александра Невского, Дмитрия Донского, Кузьмы Минина, Димитрия Пожарского, Александра Суворова и Михаила Кутузова, но не назвал имен флотоводцев. В 1942 году учредили ордена Суворова, Кутузова, Александра Невского, а чуть позже – орден Богдана Хмельницкого. Только в 1944 году адмирал флота СССР Н. Г. Кузнецов напомнил о наградах отличившихся начальников военно-морского флота. Ему было поручено создание новых морских наград. Н. Г. Кузнецову пришлось выбирать между адмиралами Нахимовым и Ушаковым. С внешностью Нахимова затруднений не было. Сохранились его прижизненные изображения. А вот портреты Ушакова у многих вызвали подозрения в их подлинности.
Срочно пришлось вернуться к истории захоронения адмирала. Вскоре было установлено примерное местонахождение захоронения великого флотоводца. Могила пребывала в разрухе. В сентябре того же года Центральный Военно-морской музей распорядился о реставрации, и вскоре надгробие было отремонтировано и возвращено на могилу. Сама же могила и прилегающий к ней земельный участок очищены от мусора. Вокруг могилы была создана металлическая ограда.
По распоряжению народного комиссара Военно-морского флота Кузнецова Н. Г. была создана Комиссия Военно-морского флота (руководитель работ – проф. М. М. Герасимов, председатель – капитан 3-го ранга Амелин), которая и провела вскрытие захоронения на территории монастыря у стены соборного храма. Раскопки могилы Ушакова начаты 18 августа 1944 года у северной стены монастырской церкви со стороны фундамента снесенной часовни. Кирпичный, частично завалившийся склеп был найден на глубине 1,4 м. Комиссия обнаружила следы грабительского вскрытия склепа и гроба. Вандалы унесли золотую шпагу, ордена и перстни, которые были вырваны с фалангами пальцев.
В могиле обнаружены грубые нарушения анатомического положения костей скелета (они лежали вперемешку), но выяснилось, что спустя 127 лет они «оказались нетленными» потому, что скелет не поддался естественному процессу разложения. Об этом был составлен соответствующий акт.
В акте вскрытия могилы от 20 августа 1944 года подробно описываются одежда усопшего: остатки сапог «с очень узким следом и твердым высоким голенищем», наличие правого адмиральского погона «с золотым шитьем и тремя черными орлами», обрывки мундира «зеленого цвета с золотым шитьем», лежавшие вперемешку «с обрывками замши», а также «мелкие медные пуговицы и маленький деревянный нательный крест (кипарис)». При осмотре левой бедренной кости «было обнаружено с внутренней стороны верхнего эпифиза старое ранение, в результате которого произошла сильная деформация всей верхней части бедра…».