Терпение Ивана IV переполнилось. В январе 1558 г. сорокатысячная русская армия под началом касимовского царя (хана) Шиг-Алея, князя М. В. Глинского и боярина Даниила Романовича Захарьина вторглась в Ливонию. Ход боевых действий выходит за рамки нашей работы, а интересующихся я отсылаю к моей книге «Северные войны России». Здесь же я отмечу, что Иван Грозный в письме к датскому королю и литовским вельможам постоянно упоминал о праве России на Прибалтийские земли, ссылаясь на завоевания Ярослава Мудрого и других князей.
Царь не рассчитал последствий своей акции. Было нетрудно предположить, что Польша, Литва и Швеция не дадут вернуть России Прибалтику. Для ведения же войны за выход к Балтийскому морю нужна была коалиционная война, в которой участвовали бы соседние страны.
Результатом неудачной для России Ливонской войны стало присоединение к Швеции Северной Эстляндии.
28 ноября 1561 г. польскому королю Сигизмунду II Августу подчинились Ливонский орден и рижский архиепископ. Согласно договору, территория на севере от Западной Двины (Видземе и Латгале и Южная Эстляндия) превращалась в так называемое Задвинсское герцогство, или Ливонскую провинцию, которая была присоединена к Литовскому княжеству (после Люблинской унии 1569 г. и к Польше). Территория на юг от Западной Двины (Курземе и Земгале) была превращена в особое Курземское и Земгальское (Курляндское) герцогство с последним магистром Ливонского ордена Готадом Кетлером во главе. В состав герцогства не вошло бывшее Курземское епископство, из которого с 1617 г. была образована особая автономная Пильтенская область, подчиненная непосредственно польскому королю.
Город Рига сохранил самостоятельность и только в 1581 г., когда Польше удалось укрепиться в верховьях Западной Двины, был вынужден перейти под власть Польши.
Следует заметить, что, согласно собору 1537 года, Швеция приняла реформацию. А через два года король официально стал главой протестантской церкви.
После смерти польского короля Стефана Батория на престол был избран сын шведского короля Иоанна (Юхана) III Сигизмунд, ставший после коронации 27 декабря 1587 г. Сигизмундом III. В отличие от отца, Сигизмунд был ярым католиком и ненавидел реформацию.
В ноябре 1592 г. умер шведский король Иоанн III. Сигизмунд III отпросился на год у сейма, чтобы уладить свои наследственные дела. В феврале 1594 г. он короновался шведской короной в Упсале. Побыв пять месяцев в Швеции, Сигизмунд отправился в Польшу, поручив управление страной регенту – своему дяде Карлу Зюдерманландскому (1530–1611 гг.)
На родине Сигизмунд популярностью явно не пользовался. Масла в огонь подлила и женитьба Сигизмунда на католичке австрийской принцессе. С отъездом Сигизмунда в Польшу власть в Швеции постепенно стала переходить к его дяде герцогу Карлу Зюдерманландскому. В 1597 г. ригсдаг официально объявил его правителем государства.
В ответ Сигизмунд собрал польские войска и начал боевые действия со Швецией. Он высадился непосредственно на территории Швеции, но 28 сентября 1598 г. был наголову разбит в битве при Стонгебру. В феврале 1599 г. ригсдаг лишил Сигизмунда королевской власти, однако депутаты не дали этого титула и Карлу, провозгласив его лишь наследственным правителем.
Покончив со сторонниками Сигизмунда в Швеции, Карл перенес боевые действия в Прибалтику. В 1600 г. шведы из Эстляндии вторглись в польские владения в Лифляндии. Однако через несколько месяцев полякам удалось вытеснить противника.
С 1604 г. шведский флот блокировал с моря Ригу, а в 1615 г. шведы высадили десятитысячный десант в устье Западной Двины. В битве у Саласпилса шведы были наголову разбиты, а король Карл с большим трудом избежал плена. (Официально он стал королем Карлом IX 22 марта 1604 г.)
По ряду причин в боевых действиях наступила двенадцатилетняя пауза. Одной из важных причин было участие польского и шведского королей в войне в России.
30 октября 1611 г. Карл IX умер, а на престол взошел его 17-летний сын Густав II Адольф. Между тем его двоюродный братец Сигизмунд III по-прежнему считал себя не только польским королем, но и шведским.
В 1617 г. Густав II вторгся в Лифляндию, осадил Ригу и взял Пернов. Однако Рига оказалась крепким орешком, и молодому королю пришлось вернуться в Эстляндию. Было заключено перемирие на 4 года. За это время Густав реорганизовал армию и резко усилил огневую мощь шведской пехоты.
24 июля 1621 г. Густав вывел из Стокгольма огромный флот и высадил в Лифляндии два больших десанта (у Пернова и в устье Двины). Оба десанта вскоре объединились и в августе приступили к осаде Риги. 15 сентября сильнейшая крепость Прибалтики капитулировала. Тем не менее боевые действия с перерывами продолжались еще 8 лет.
В 1629 г. в Альтмарке было заключено перемирие, по которому Швеция получала всю Восточную Лифляндию до устья Западной Двины и большую часть побережья Пруссии.