Пограничные войска всегда были нелегким бременем для органов госбезопасности из-за своей численности (около 250 тысяч), забот по техническому оснащению границы, войсковому, имущественному и продовольственному снабжению. Но перевод пограничников в систему МБ имел большое значение: усиливалось оперативно-разведывательное прикрытие прозрачной и дырявой на тот период государственной границы, преграждался путь нелегалам (это дело контрразведки), многочисленным каналам поступления наркотиков, уменьшалась раздутость управленческого аппарата войск.
В 1992–1993 годах половина протяженности линии государственной границы России с бывшими союзными республиками не была оформлена правовыми договорами, некоторые участки границы проходили, образно говоря, по огородным межам жителей ставших разными государств. В Грузии, Таджикистане продолжали нести охрану внешних границ российские пограничники.
На рубежах России множилось число опасных очагов напряженности. Именно на границе концентрировались реальные угрозы государству: международный терроризм, наркобизнес, незаконное перемещение оружия, радиоактивных, отравляющих и психотропных веществ, огромные миграционные потоки. Один из моих помощников, энергичный и смелый 35-летний генерал Александр Измоденов, не вылезал из поездок по горячим точкам: Абхазия, Приднестровье, республики Закавказья.
Глава правительства Гайдар в своих воспоминаниях отмечал, что было особое место, требующее постоянного внимания российских органов власти, — Таджикистан. В 1992 году там нарастал хаос, постепенно переходящий в открытую гражданскую войну. Русскоязычное население бежало из охваченной беспорядками республики, но в ней оставались российские пограничники и 201-я армейская дивизия. «Принимаю решение вылететь в Душанбе, на место, самому». Многое сумел увидеть на горном Памире Гайдар, но не многое сумел сделать для улучшения положения российских пограничников, несущих службу на горячей таджикско-афганской границе. Там продолжалось оставаться плачевное состояние: пограничники по-прежнему ходили в изношенной обуви, получали нищенскую зарплату, отсутствовало нормальное материальное и техническое обеспечение, при этом они постоянно находились в напряженных боевых условиях. В Таджикистане в неравном бою с афганскими бандитами погибли 23 пограничника героической 13-й заставы Московского отряда. Всю вину за эту трагедию Президент Ельцин возложил на Баранникова и Шляхтина (командующего Погранвойсками, который находился в США в тот период) и обоих уволил с занимаемых должностей. После этого мне пришлось полностью ощутить на себе трудности в управлении войсками и организации пограничной службы.
Командование приняло решение готовить для Президента ежедневную оперативную сводку о положении на границах России. Не хочу скрывать, что постоянным информированием хотел себя подстраховать: документ, как говорится, не костыль, но на него в определенных случаях можно опереться.
На должность командующего Погранвойсками предлагалось несколько прекрасных кандидатов. У каждого были свои достоинства и недостатки. Один не имел опыта руководства пограничным округом, другой не прошел боевого крещения, своего Афганистана. На вопрос Ельцина, почему затягивается назначение командующего Погранвойсками, я отвечал, что нынешняя государственная граница вовсе не советская — дружбы и добрососедства, в ряде мест она сражающаяся и требующая военной защиты. Поэтому у меня возникла идея обратиться в Министерство обороны.
— Вы советовались с Грачевым? — спросил Президент, согласившийся с мнением назначить кадрового военного.
— С министром обороны по этому вопросу не говорил, не согласовав прежде с Вами.
— Может, назовете мне возможного кандидата?
Я назвал Андрея Ивановича Николаева, имевшего блестящую командно-штабную подготовку, 44-летнего генерал-полковника, первого заместителя начальника Генерального штаба. Во время моего пребывания на Украине он был командующим 1 — й гвардейской армией, дислоцированной в Чернигове. После назначения Николаева активизировалась разработка и реализация новой концепции охраны государственной границы России, ряда государств СНГ, где оставались командные структуры и российский офицерский корпус Погранвойск. Обстановка в Пограничных войсках стала существенно улучшаться.
В декабре 1993 года после ликвидации Министерства безопасности Пограничные войска вновь подверглись реформированию, преобразовались в Федеральную пограничную службу России. Николаеву, который с присущей ему амбициозностью стремился к самостоятельности Пограничных войск и в здании на Лубянке «отгородился от МБ железными засовами», я говорил, что отделение пограничников от органов госбезопасности — непродуманные действия, что в одиночестве наплачетесь, а потом все возвратится на круги своя.
Проводимые при Ельцине реформы привели к тому, что штаты центрального аппарата Федеральной пограничной службы увеличились на тот период до 1400 военнослужащих (при 730 единицах в составе КГБ СССР).