К этому периоду в основе своей сложился и сформировался аппарат ВУЧК, а в начале 1920 года появились специальные чекистские вооруженные формирования. Но некоторые коммунисты считали преждевременной мерой создание украинских ЧК, главным образом из-за отсутствия необходимого количества подготовленных сотрудников. 4 июня 1919 года Ленин писал председателю ВУЧК Лацису: «…Каменев говорит и заявляет, что несколько виднейших чекистов подтверждают, что на Украине ЧК принесли тьму зла, будучи созданы слишком рано и впустив в себя массу примазавшихся. Надо построже проверить состав, надеюсь, Дзержинский отсюда Вам в этом поможет. Надо подтянуть во что бы то ни стало чекистов и выгнать примазавшихся». В ответном письме Лацис сообщал о неоднородном составе ВУЧК, значительном количестве примазавшихся лиц, в частности ранее изгнанных из ЧК в Москве, малоспособных и малонадежных. «Сейчас мы, — писал М. Лацис, — порешили принимать только коммунистов (большевиков)… Я пошел на очень большие уступки, чтобы улучшить состав чрезвычайных комиссий и избавиться от постоянных нареканий и погромов: упразднил уездчека и выбросил мелкую спекуляцию».
В конце 1919 года обстановка на Украине резко обострилась, значительная часть республики была захвачена белогвардейскими войсками Деникина и петлюровцами. Вооруженные объединения Деникина, Врангеля, разветвленные подпольные белогвардейские организации, украинские буржуазно-националистические центры пользовались поддержкой империалистических государств, сотрудничали с иностранными разведками, получали от них финансовую и военную помощь. Активные наступательные действия деникинцев привели к тому, что советская власть еще не везде упрочилась, ухудшилось экономическое и военное положение Украины, прокатилась волна мятежей. Если в апреле 1919 года было 93 мятежа, то в первой половине июня того же года — уже 207.
В это тяжелое время российская ВЧК на основе существующего с украинским государством договора о военно-политическом союзе предложила передать ей функции ВУЧК. Совнарком Украины не согласился с этим предложением и вместе с сохранившейся частью сотрудников ЧК временно эвакуировался в РСФСР. Аппарат ВУЧК резко уменьшился. Многие чекисты были направлены в Красную армию, продолжили работу в разветвленной сети подпольных организаций на временно оккупированной противниками территории.
Объединенными усилиями трудящихся советских республик России и Украины в конце 1919 года была одержана окончательная победа над агрессорами и интервентами, и на Украине пришлось, по существу, заново создавать советский государственный аппарат и органы безопасности. Ленин обратился с письмом к рабочим и крестьянам Украины, в котором отмечал необходимость дальнейшего укрепления дружбы и братства народов, единения трудящихся России и Украины: «Мы хотим добровольного союза наций — такого союза, который не допускал бы никакого насилия одной нации над другой. Если такой союз не будет установлен и сохранен, тогда и Советскую Украину и Советскую Россию смогут задавить и задушить капиталисты».
В мае 1920 года буржуазная Польша при поддержке войск барона Врангеля, находившихся в Крыму, снова оккупировала значительную часть территории Советской Украины. Продолжали свирепствовать остатки деникинской армии и петлюровских банд, бесчинствовали банды Махно, с огромными трудностями защищалась украинская государственность. В этих условиях потребовалось создать более мощный аппарат ЧК для борьбы с иностранными интервентами, контрреволюционными заговорами, шпионажем, анархизмом, уголовным бандитизмом и другими особо опасными преступлениями.
По мере укрепления федеративных отношений между РСФСР и Украиной совершенствовались широкие и тесные связи органов безопасности без ущемления прав и суверенитета каждого государства. В них отразился подлинный дух братства русского и украинского народов, выражалось стремление совместно отстоять свободу и независимость.
В борьбе с бандитизмом на Украине, несомненно, были достигнуты большие успехи. Если в конце 1920 года насчитывалось 89 организованных бандитских группировок численностью около 56 тысяч человек, то к концу 1921 года осталось 13 мелких, разрозненных, деморализованных групп до 300 человек.
В руководстве органами безопасности Украины (19201922) особо прослеживается требование строгого соблюдения законности. Так, в 1920 году Манцев, ставший руководителем ВУЧК после Лациса, отмечал, что задача ЧК заключается в борьбе с врагами революции, решительной расправе с ними, а «отнюдь не в создании «врагов революции» там, где их нет». Он призывал сотрудников быть объективными, «точным образом устанавливать наличие деятельности враждебных организаций, быть осторожными и не переоценивать, не увлекаться славой бесконечных открытий…».
Манцев был введен в состав коллегии ВЧК. Действовало положение, когда все оперативные задания и просьбы со стороны ВЧК к органам ЧК на Украине могли адресоваться и исполняться только через Манцева и центральные подразделения ВУЧК.