Захарьиным в самом деле удалось сосредоточить в своих руках все нити правления. Когда царь по случаю второго брака «разделился» с сыновьями, Захарьины возглавили думу и двор царевичей. Отныне в отсутствие Грозного управление государством переходило формально в руки малолетнего наследника, фактически в руки Захарьиных.
Прекрасно сознавая значение новых органов управления — приказов, Захарьины попытались взять под контроль приказной аппарат. Их ставленник Никита Фуников, подвергшийся опале при Адашеве, был возвращен из ссылки и возглавил центральное финансовое ведомство — Казенный приказ. Сподвижник Фуникова дьяк Иван Висковатый стал государственным печатником. Важнейшая приказная документация теперь должна была проходить утверждение в канцелярии Висковатого, хранителя царской печати. Новый «канцлер» (так называли его иностранцы) начал свою деятельность с того, что заменил «меньшую» великокняжескую печать большой печатью, украшенной символом самодержавия: «Орел двоеглавной, а середа его человек на коне, а на другой орел же двоеглавной, а середи его инърог» (единорог).
Фактическое отстранение вождей аристократической думы и попытки возврата к единодержавному правлению привели к тому, что влияние высшей приказной бюрократии заметно возросло. Идеолог боярства Курбский, переживший падение Избранной рады, самым решительным образом протестовал против ущемления привилегий знати и передачи функций управления в руки приказных бюрократов. Писарям русским, утверждал он, «князь великий зело верит, а избирает их ни от шляхетского роду, ни от благородна, но паче от поповичей или от простого всенародства, а то ненавидячи творит вельмож своих».
Не менее резкое суждение о новых сановниках высказывал другой защитник старины, Тимоха Тетерин, выходец из старой дьяческой фамилии. Царь больше не верит боярам, писал Тетерин одному знатному боярину, есть у него «новые верники-дьяки… у которых дьяков отцы вашим (бояр) отцам в холопстве не пригожалися, а ныне не токмо землею владеют, но и головами вашими торгуют».
Борьба за власть разъединила царскую родню.
Двоюродный дядя царя по матери Василий Михайлович Глинский получил боярский чин в 1560 г. Его отец был регентом при малолетнем Иване IV, и князь рассчитывал занять подобающее место в опекунском совете при царевиче Иване. Но Захарьины не допустили его в совет. В июле 1561 г. царь подверг дядю опале. Вслед за ним опале подверглись многие другие лица, принадлежавшие к высшей знати.
Иностранцы (немец Буссов, поляк Немоевский) описали церемонию царской опалы. Опальному объявляли вину, после чего подвергали весьма своеобразной казни — выщипывали волосы из бороды. Дернуть за бороду значило нанести человеку страшное бесчестье. Борода была символом боярской чести. Впавший в немилость сановник должен был носить черные одежды и выказывать смирение, снимая шапку перед встречными.
Неизвестно, в чем конкретно обвиняли опального Глинского, но он недолго пробыл в опале. По ходатайству Макария он был прощен, но с него взяли поручную запись. Боярин признался, что преступил перед государем, и взял на себя обязательство «не ссылатися ни человеком, ни грамотами» с польским королем, немедленно выдать властям людей, которые учнут с ним «думати о литовской посылке и отъезде», не приставать к лихим людям «в уделех».
Знать литовского происхождения первой отреагировала на перемены в Русском государстве. Близкой родней Глинских был князь Дмитрий Вишневецкий. Когда в Москве возник проект образования в Кабарде вассального Черкасского княжества, Иван IV предложил трон Вишневецкому. В 1560 г. князь выехал в Пятигорск. Однако уже летом 1561 г. он был сведен «с государства», после чего уехал на Днепр и завел тайные сношения с Сигизмундом II. 5 сентября князь получил королевскую охранную грамоту на въезд в Литву. В ноябре он явился в Москву, где назревали важные события.
В январе 1562 г. власти арестовали главу Боярской думы князя Ивана Бельского, владельца Луховского удельного княжества. Бельские также были литовскими выходцами. При аресте у князя были найдены королевские охранные грамоты с приглашением к отъезду в Литву, а также роспись пути до литовской границы. Глава думы повинился в том, что ссылался с Сигизмундом II и грамоту от него «опасную взял, что мне к нему ехати». Царь подверг Бельского опале и три месяца держал под стражей. Удельное княжество перешло в казну.