Среди московских образованных монахов деятельность Максима поначалу вызывала сочувствие, тем более что греку покровительствовал сам великий князь. Однако в 1522 г. Максим Грек подверг критике процедуру избрания московского митрополита Даниила, что изменило отношение к нему властей. После отказа подписать Флорентийскую унию русские митрополиты перестали ездить «на поставление» в Константинополь. Максим не мог смириться с вопиющим нарушением прав главы вселенской православной церкви. Даниил был избран на московскую митрополию без благословения патриарха, а следовательно, в нарушение закона. Максим Грек доказывал ошибочность решения московского собора не принимать назначения на митрополию «от цареградского патриарха, аки во области безбожных турок поганого царя». Ученый инок опровергал идею о «порушении» греческого православия под властью турок и отстаивал мысль о неоскверняемой чистоте греческой церкви. Философ без обиняков говорил, что считает избрание Даниила «безчинным».
Ученые греки пытались вернуть русскую церковь в лоно греческой. Ортодоксы увидели в их домогательствах покушение на независимость московской церкви. Споры о «чистоте» и «изрушении» греческой веры побуждали ученых греков все резче отзываться о «заблуждениях» московитов и ошибках в их богослужебных книгах. В свою очередь, московские монахи, отстаивая ортодоксальность старых русских книг и обрядов, стали обвинять греков в ереси.
Василий III понимал, сколь важна для него поддержка московской ортодоксальной церкви, и, когда жизнь поставила его перед выбором прослыть сторонником греческой «прелести» или главой истинного православного царства, он недолго колебался. Некто Марк Грек подвизался в Москве как лекарь и купец. Русские дипломаты хлопотали в Константинополе о том, чтобы султан разрешил жене Марка выехать на Русь. Впоследствии Константинополь пытался вызволить самого Марка из плена. Судя по тому, что Марк вел доверительные беседы с государем, он был одним из придворных лекарей. По словам С. Герберштейна, Марк Грек первым осмелился высказать Василию III резкие замечания по поводу тяжких заблуждений русского православия. За это он был тотчас взят под стражу и бесследно исчез. Ю. Д. Траханиотов также пытался отстаивать красоту греческой веры, а заодно вызволить Марка из беды. За это его отрешили от всех должностей. Впрочем, своего любимца монарх наказал лишь для вида. Очень скоро его вернули ко двору и ввиду его болезни позволили носить на носилках «наверх» в комнаты государя.
Митрополит Варлаам не проявлял должной твердости по отношению к грекам. Но его преемник Даниил прежде всего постарался избавиться от Максима Философа. Осифляне дознались о сомнительном прошлом Максима Грека, принявшего католичество во время учения в Италии. Среди ревнителей московской старины возникли подозрения, что Максим портит старые русские богослужебные книги. Ортодоксы были убеждены в святости и неизменности каждой буквы и строки этих книг. Едва ли не самый знаменитый каллиграф своего времени Михаил Медоварцев живо передал чувство потрясения, которое он испытал при исправлении церковных текстов по указанию Максима: «Загладил (стер. —
Иосиф Волоцкий чтил дух и букву писания. Его ученики далеко превзошли своего учителя в начетничестве. Митрополит Даниил с крайним неодобрением относился к деятельности чужеземца-переводчика. Во время судебного разбирательства Максим признался: «…говорил, что здесь на Руси (священные. —
Осифляне постарались любой ценой скомпрометировать Грека в глазах монарха. На суде трое свидетелей показали, будто Философ занимался колдовством: «Волшебными хитростями еллинскими писал еси водками на дланех», и, когда государь гневался на инока, «он учнет великому князю против того что отвечивати, а против великого князя длани своя поставляет, и князь великий гнев на него часа того утолит и учнет смеятися».
Максим Грек обладал острым умом, обширными богословскими познаниями и в совершенстве владел приемами риторики. Неизвестно, чем бы закончился суд, если бы судьи допустили свободный диспут. Стараниями Даниила прения на соборе свелись к мелочным придиркам в духе Иосифа Волоцкого. Исправляя по приказу Василия III Цветную триодь, Максим Грек внес в службу о Вознесении исправление. Вместо «Христос взыде на небеса и седе одесную отца» он написал: «седев одесную отца». Ортодоксы учили, что Христос сидит вечно «одесную отца». Из исправленного текста следовало, что «седение» было мимолетным состоянием в прошлом — «яко седение Христово одесную отца мимошедшее и минувшее». На допросах Максим защищал свое исправление, отрицая «разньство» в текстах. Но позднее он признал ошибочность своего написания и объяснил дело недостаточным знанием русского языка.