Работая в Ленинграде, Рубинштейн поддерживал тесные творческие контакты с рядом московских психологов. По свидетельству М.Г. Ярошевского, «к Рубинштейну в его двухкомнатную квартиру на Садовой приходили делиться своими замыслами Выготский и Леонтьев, Ананьев и Рогинский. Приезжали на его кафедру Лурия, Занков, Кравков и другие». Выготского и Леонтьева он приглашал из Москвы для чтения лекций. Не разделяя многих идей Выготского, он подробно обсуждал их во время их встреч.
В свою очередь, приезжая в Москву, Рубинштейн активно общался с коллегами, которые также разрабатывали психологическую категорию деятельности, – Тепловым, Леонтьевым и др. Обычно эти встречи происходили не в Институте психологии, а в ЦПКИО им. Горького, поскольку руководство института к идеям «деятельностников» относилось, мягко говоря, прохладно. По этой причине Теплову и Леонтьеву было бы трудно или даже невозможно защитить свои докторские диссертации в Москве. Рубинштейн пригласил их защищаться в Ленинград, к себе на кафедру, выступил одним из официальных оппонентов.
Когда началась война, Рубинштейну, как и другим крупным ученым, предложили эвакуироваться, но он решил остаться в осажденном Ленинграде, считая своим гражданским долгом в качестве проректора (в отсутствие ректора) организовать работу коллектива института в суровых условиях блокады.
Сохранилось множество свидетельств мужества Рубинштейна в этих нечеловеческих условиях. Его аспирант Г.Лосев умирал в одном из госпиталей, расположенном далеко от центра города. Преодолевая физическую слабость, Рубинштейн шел пешком через весь город, чтобы отдать Лосеву часть своего скудного пайка. Начальник дружины по охране института А.Л. Чаплина рассказывала, как этот сугубо гражданский человек, никогда в жизни не державший в руках оружия, попросил ее проводить его в тир, где бы он мог научиться, несмотря на сильнейшую близорукость, стрелять из пистолета, чтобы, если фашисты ворвутся в город (бои шли в пригородах), принять непосредственное участие в обороне.
В марте 1942 г. институт удалось эвакуировать на юг страны. А в апреле первое издание «Основ общей психологии» было удостоено высшей в то время – Сталинской – премии. Книга была представлена на награждение рядом психологов, а также выдающимися учеными В.И. Вернадским и А.А. Ухтомским, давно и глубоко интересовавшимися проблемами психологии. В 40-х гг. присуждение премий в большинстве случаев объективно выражало общественное признание научных достижений. Сталинские лауреаты обладали тогда большим авторитетом и могли в известной степени влиять на ход событий в сфере своей профессиональной деятельности. Вот почему 1 октября 1942 г. беспартийный Рубинштейн был назначен директором Московского института психологии – головного научного учреждения страны в данной отрасли. Одновременно он возглавил кафедру психологии в МГУ и пригласил на работу в университет многих известных московских психологов (Леонтьева, Лурию, Теплова и др.), своих ленинградских учеников (Красильщикову, Ярошевского и др.), а также представителей Харьковской школы (Гальперина, Запорожца и др.) Первый в МГУ выпуск дипломированных психологов состоялся в 1948 г. В 1943 г. Рубинштейн был избран членом-корреспондентом Академии наук СССР, чего дотоле ни один психолог не удостаивался.
Рубинштейн поддерживал творческие контакты с известными историками Е.А. Косминским и Е.В. Тарле, с лингвистом академиком В.В. Виноградовым, физиологами академиками Л.А. Орбели и И.С. Бериташвили, кинорежиссером С.М. Эйзенштейном, физиком А.З. Петровым, искусствоведами Б.Р. Виппером, В.М. Жирмунским и другими видными деятелями науки и культуры. При их содействии в Академии наук был организован Сектор психологии (в Институте философии), ставший первым академическим центром психологических исследований. Хотя сектор был частью института, призванного разрабатывать проблемы философии, Рубинштейн, снова в который раз проявивший талант научного лидера, способного объединить исследования различных направлений, построил программу работы сектора таким образом, чтобы она охватывала широкий круг тем, в том числе и сугубо психологических. Психофизиологическая проблематика в секторе разрабатывалась такими крупными учеными, как С.В. Кравков и Н.А. Гарбузов, а зоопсихологическая – всемирно известной исследовательницей Н.Н. Ладыгиной-Котс. Здесь проводились заседания с участием ведущих психологов столицы, представлявших различные научно-исследовательские учреждения, в том числе и Московский психологический институт, ряд сотрудников которого (Теплов, Шемякин) работали также и в секторе. На базе этого сектора Рубинштейн надеялся организовать Институт психологии АН СССР. Его надежда осуществилась лишь после его смерти стараниями его последователей.