В 1921 г. произошла значительная реорганизация Психологического института, в частности были организованы выборы директора. Этот пост, несмотря на свое «идеалистическое прошлое», сохранил Челпанов – его кандидатуру большинством голосов поддержал Ученый совет. Смирнов с января 1922 г. занял должность научного сотрудника первого разряда (говоря современным языком – старшего научного сотрудника). Он активно включился в работу и продолжил свои исследования представлений. По этой тематике он выступил с докладом на первом Всероссийском психоневрологическом съезде в январе 1923 г. Однако главным событием съезда стало не обсуждение научной работы, а доклад К.Н. Корнилова, возглавившего борьбу за перестройку психологии на марксистских основах. Результаты этой борьбы отразились на судьбе Психологического института и его сотрудников. В ноябре 1923 г. Челпанов был отстранен от руководства институтом, вместе с ним покинули институт многие его ученики, в том числе и Смирнов.
С января 1924 г. Смирнов – старший научный сотрудник Института методов внешкольной работы. В январе 1931 г. он стал профессором Института средней школы. Не оставлял он и педагогической работы. Основную область его научных интересов в этот период составляли проблемы изучения ребенка в русле педологии, а также проблемы психотехники (главным образом, профессионального самоопределения).
В области педологии наиболее значительными работами Смирнова были «Психология ребенка и подростка» (1926), которая выдержала 4 издания, а также «Введение в педологию в связи с учением о поведении человека» (1927). Обратившись к изучению детского развития, он суммировал результаты накопленных к этому времени исследований и присовокупил к ним результаты собственных наблюдений за своими сыновьями (которым и посвятил этот труд). Исходным принципом в этих трудах был эволюционно-генетический подход. Лейтмотивом проходит у Смирнова мысль о том, что ребенка надо рассматривать как существо, непрерывно развивающееся. К тому же, подчеркивал он, необходимо каждую особенность личности и поведения ребенка рассматривать в тесной связи со всеми другими характерными чертами, свойственными ребенку данного возраста. В зависимости от возраста, наглядно показывал он, одна и та же черта характерна может иметь разные психологические корни. Смирнов создал многоплановую картину детского развития в его наиболее существенных чертах в разные возрастные периоды, рассмотрел основные закономерности психического и физического развития, особенности формирования познавательных процессов, значение игры и начальных форм труда в жизни ребенка, роль детского рисунка и его значение для познания внутреннего мира ребенка. Добротное научное содержание книг сочеталось с доступной формой изложения и практически полезными рекомендациями.
В статьях, написанных в те годы, Смирнов рассмотрел также вечно актуальную для педагогической практики проблему школьной успеваемости. Эта проблема, подчеркивал он, не может быть узкопедагогической. Главная задача – понять причины, источники неуспеваемости школьника. А для этого надо знать ребенка не только со стороны его успехов в школе, но учитывать и другие стороны его жизни, особенности его организма и личности. «Учет школьной успешности должен быть составной частью более широкого, педологического изучения личности ребенка, точнее: данные учета приобретают свое подлинное значение только на фоне этого изучения», – утверждал Смирнов.
Какие же формы учета больше всего отвечают этим требованиям? – задался вопросом Смирнов. И пришел к выводу, что ряд преимуществ в этом отношении имеет метод тестов. Но он также таит в себе ряд опасностей и существенных недостатков. Для того чтобы их избежать, необходимо очень тщательно составить тесты и проанализировать результаты, полученные с их помощью. Этому вопросу Смирнов уделил самое серьезное внимание. Под его редакцией вышло детальное методическое руководство по использованию школьных тестов («Школьные тесты», 1929), в котором были определены принципы построения тестов, техника их проведения и интерпретации результатов. Сборник ставил ясную цель тестовых испытаний – «дать возможность произвести в строго определенной форме