В 1889 г. Жане возвратился в Париж и успешно защитил диссертацию «Психический автоматизм (Экспериментальное исследование низших форм психической деятельности)», впоследствии опубликованную в виде книги. Докторская степень была ему присвоена по философии, ибо в представлении французской научной общественности той поры психология продолжала оставаться ветвью философских наук (представление, наверное, небезосновательное и, не смотря ни на что, отчасти справедливое и поныне). В 1890 г. Жане получил пост в Парижском лицее, и в том же году Ж.М. Шарко отдал в его ведение психологическую лабораторию в своей клинике Сальпетриер, где Жане и ранее вел активную клиническую работу, а свои научные взгляды излагал в лекциях, пользовавшихся большой популярностью. Фрейд, стажировавшийся у Шарко в клинике Сальпетриер, впоследствии утверждал, что никогда даже не сталкивался с Жане и ничего не слышал о его идеях. В «Очерке истории психоаналитического движения» Фрейд не без горечи отмечает: «В Париже, кажется, господствует убеждение, что все верное в психоанализе с небольшими изменениями повторяет взгляды Жане, все же остальное никуда не годится». Даже в написанной в 1925 г. «Автобиографии» Фрейда читаем: «В то время как я пишу это, из Франции до меня доходят многочисленные статьи из журналов и газет, свидетельствующие о сильном сопротивлении принятию психоанализа, причем часто они содержат самые неверные предположения по поводу моего отношения к французской школе. Так, например, я читаю, что своим пребыванием в Париже я воспользовался для того, чтобы познакомиться с учением Пьера Жане, а затем сбежал, прихватив уворованное. Я должен ясно сказать в связи с этим, что вообще не слыхал имени Жане во время моего пребывания в Сальпетриер».
Те, кто интересуется подробностями этого болезненного спора о научном приоритете, могут найти подробное изложение ситуации в блестящей работе Генри Элленбергера «Открытие бессознательного» (первый том этой книги завершает глава, посвященная сопоставлению взглядов Фрейда и Жане), а также в книге Альфреда Лоренцера «Археология бессознательного» (М., 1996).
В 1893 г. Жане защитил медицинскую диссертацию «Умственное состояние истериков». С декабря 1895 г. по август 1897 г. он заменял Т.Рибо в Коллеж де Франс и окончательно сменил его там в 1902 г., получив должность профессора психологии. В 1904 г. основал совместно с Ж.Дюма «Журнал нормальной и патологической психологии» и оставался его главным редактором свыше 30 лет. В 1936 г. ушел в отставку, но продолжал частную практику и научные исследования.
Жан Пиаже, посвятивший Жане специальную статью, выделяет в его творчестве три периода. Первый начинается работой «Психический автоматизм» и характеризуется некоторой статичностью. Начальная точка второого периода – работа «Навязчивость и психастения» (1903), где внимание Жане уже направлено на динамический аспект психического процесса. Третий период (со второй половины 20-х годов) интересен генетическим анализом разных форм поведения.
Вполне в духе своего времени Жане на раннем этапе своей научной деятельности был увлечен исследованием таких процессов, как гипнотизм, внушение мыслей на расстоянии. «Мои первые пробы в изучении расстройств нервной системы путем обследования мистических феноменов и сомнительной реальности не следовало бы наверное, рассматривать как полностью бессмысленные. Прежде всего потому, что эти странные исследования познакомили меня с такими важными людьми, как Шарко, Рише, Мэйер, Сидвик, имевшими те же наклонности и интересы. Они поделились собственными идеями и сомнениями, показали свою исследовательскую работу, познакомили с методами… Эти первые работы над чудесами животного магнетизма ориентировали меня на изучение сомнамбулизма и гипнотической практики, которые были чрезвычайно популярны и по крайней мере казались средством подхода к психологическому изучению психической патологии». В этот период Жане также формулирует основные методические правила своей работы, которым следует и в дальнейшем: 1) обследовать пациента самому, насколько это возможно без ассистентов и другого рода «посторонних»; 2) точно записывать все, что говорит и делает пациент; 3) учитывать не только актуальное состояние пациента, но и всю историю его жизни и ход предшествующих заболеваний и их лечения.