Ни патриаршая грамота, ни обряд проклятия не расположили к Борису народного сердца. Московские люди считали все уверения патриарха ложью. «Борис, – говорили они, – поневоле должен делать так, как делает, а то ведь ему придется не только от царства отступиться, но и жизнь потерять». Насчет проклятия говорили: «Пусть, пусть проклинают Гришку! От этого царевичу ничего не станет. Царевич – Димитрий, а не Гришка». Борисовы шпионы продолжали подслушивать речи, и не проходило дня, чтобы в Москве не мучили людей кнутом, железом и огнем.
Борис был в страшном томлении, обращался к ворожеям, предсказателям, выслушивал от них двусмысленные прорицания, запирался и целыми днями сидел один, а сына посылал молиться по церквам. Казни и пытки не прекращались. Борис уже в близких себе лицах подозревал измену и не надеялся сладить с соперником военными силами; он решил попытаться тайным убийством избавиться от своего злодея. Попытка эта не удалась. Монахи, которых в марте подговорил Борис ехать в Путивль отравить названого Димитрия, попались с ядом в руки последнего. Неизвестно, дошла ли до Бориса об этом весть, но вскоре ему пришел конец.
13 апреля, в Неделю мироносиц, царь встал здоровым и казался веселее обыкновенного. После обедни приготовлен был праздничный стол в золотой палате. Борис ел с большим аппетитом и переполнил себе желудок. После обеда он пошел на вышку, с которой часто обозревал всю Москву. Но вскоре он поспешно сошел оттуда, говорил, что чувствует колотье и дурноту. Побежали за доктором; пока успел прийти доктор, царю стало хуже. У него выступила кровь из ушей и носа. Царь упал без чувств. Прибежал патриарх, за ним явилось духовенство. Кое-как успели причастить царя Св. Тайн, а потом совершили наскоро над полумертвым пострижение в схиму и нарекли Боголепом. Около трех часов пополудни Борис скончался. Целый день боялись объявить народу о смерти царя, огласили только на другой день и начали посылать народ в Кремль целовать крест на верность царице Марии и сыну ее Федору. Патриарх объявил, что Борис завещал им престол свой. Тотчас пошли рассказы, что Борис на вышке сам себя отравил ядом в припадке отчаяния. Этот слух распустили немцы, доктора Бориса. На следующий день останки его были погребены в Архангельском соборе между прочими властителями Московского государства.
Новый царь был шестнадцати летний юноша, полный телом, бел, румян, черноглаз и, как говорят современники, «изучен всякого философского естествословия». Ему присягнули в Москве без ропота, но тут же говорили: «Не долго царствовать Борисовым детям! Вот Димитрий Иванович придет в Москву».