Когда патриарх Иеремия II проводил преобразование Патриаршей академии, он, вероятно, сознавал это. Хотя он поощрял изучение таких наук, как физиология и химия, новую философию он не включил в программу.
[359] Следующее поколение пошло еще дальше. Выдающийся критянин, Кирилл Лукарис, который был патриархом с некоторыми краткими перерывами с 1620 г. до своей казни в 1638 г., был страстным покровителем современной мысли. Его судьба будет рассмотрена ниже. Здесь прежде всего отметим, что он устроил в патриархате греческую типографию, приобретенную в Англии, что обеспечило широкий размах греческой образованности за краткий период ее существования. Во–вторых, он продолжил реформу Патриаршей академии. В 1624 г. он поставил во главе ее своего друга Феофила Коридаллевса, тогдашнего ректора Афинской академии. Коридаллевс попал под влияние Кремонини из Падуи и проявлял глубокий интерес к неоаристотелианству. Он ввел курс по его изучению и, что еще более ценно, курс по физике, развитию и разложению. Следовательно, студенты академии могли получить такое же хорошее научное образование, какое обеспечивали большинство западных университетов. В 1639 г. Коридаллевс был смещен со своего поста, так как поддерживал учение Кирилла Лукариса, осужденного как еретика. Позже он был реабилитирован и на некоторое время стал митрополитом Арты. Но порядок, введенный им, сохранился, а курсы были возобновлены его учеником Иоанном Кариофилисом, назначенным ректором в 1642 г. Кариофилис был, в свою очередь, смещен по обвинению в ереси и из‑за грубости; но курсы были теперь прочно закреплены и не были прекращены. [360] Их поддерживали последующие ректоры, прежде всего Александр Маврокордато, о замечательной судьбе которого пойдет речь ниже. Он встал во главе академии в молодом возрасте 24 лет в 1666 г. и сам читал лекции по философии, медицине и классическому греческому языку. Поскольку он был в то же время по своей должности великим ритором патриархата и принадлежал к одной из самых богатых семей Константинополя, от которой патриархат находился в зависимости, никто бы не осмелился обвинять его в ереси. Он учился как в коллегии св. Афанасия, так и в Падуе, и обучение юношеских лет сделало его расположенным к поиску взаимопонимания с Римом, которого он надеялся достичь на основе новой философии.[361] Когда он удалился из академии, то стал великим драгоманом Высокой Порты; его преемником был Севаст Кименит, родом из Кимены близ Трапезунда. Он также был выпускником Падуанского университета, но был представителем старой традиции. Действительно, он написал трактат в защиту учения Паламы. Однако, вероятно, ему не понравилась жизнь в Константинополе, и вскоре он вернулся обратно в Трапезунд, где возглавил местную академию. В 1702 г. он умер преподавателем в Бухаресте.[362]